为适应医疗卫生体制的改革，适应整个社会经济的发展，酝酿改革多年的医院财务制度、医院会计制度于2011年颁发。新的医院财务制度、医院会计制度（以下简称两个制度）的改革不仅仅只是一种演变，两个制度的实施将进一步提高医院财务管理水平，提高医院的会计核算水平，从而降低医疗运营成本，使广大患者从中受益。当然，一个制度的实施不会尽善尽美，而是在实践中不断完善，弥补自身缺陷的动态过程。
由于两个制度变动较大，在执行过程中难免遇到这样或那样的问题，调研发现如下：
1.工作量增加，财务人员负担加重，两个制度执行进度不一
基层调查发现，财务人员反映两个制度的实施工作量增加了3倍之多，从清理固定资产开始，做新旧会计制度衔接，新会计核算软件的应用，医院财会人员就开始了加班加点，一直忙碌了两个季度还有些医院会计报表都无法生成，科室成本核算不能开展。究其原因：一是新医院会计制度变动较大尤其是新核算内容的增加，会计人员对新制度还不熟悉，加上对会计人员培训力度不够，会计人员对两个制度中的一些内容不理解，对两个制度的顺利执行也受到不同影响；二是财会人员素质有待提高，现有财会人员大多学财会专业居多，缺乏电算化知识，尤其是新会计核算软件应用还有一个熟悉过程，因此，不同程度地影响了进度；三是医院信息化滞后，新的会计核算系统和医院管理系统不能顺利衔接，会计核算中需要的数据无法从医院信息管理系统获得，还需要人工传送和具体操作，不能从繁重的手工劳动中解放出来，尤其是科室成本核算离开计算机手工操作肯定难以完成。
解决目前医院会计核算被动局面，只能面对现实，进一步提高财会人员的综合素质，卫生主管部门尤其是上级卫生主管部门，应进一步加强对两个制度的培训力度，及时对现行会计核算软件的使用操作，进行多种形式的培训，推动两个制度的尽快落实。另外，从现在开始，医院要有计划地引进会计电算专业人才，以适应医院会计核算的需要。
2.医院信息管理系统、会计核算软件有待统一和完善
调查中发现，各医院使用的信息管理系统可以说“五花八门”，而新上的会计核算软件除省推荐的“用友'“金算盘”、“金碟”3个会计核算软件外，还有其他会计核算软件的应用。有的市卫生局作了规定，统一使用“用友”、“金算盘”；没有做统一规定的，使用何种软件的都有。
由于，我国目前的医院管理软件都是各软件公司自行开发的，各自使用不同的操作平台和支持软件，数据结构不同，编写程序风格各异，为技术保密，相互没有交流和沟通，没有业界的协议，自然也没有统一的数据接口，在系统与系统之间很难实现数据信息的共享。
医院会计核算软件在会计电算化的使用中，重视账务处理却忽视管理应用。医院会计电算化的运用可以极大地发挥计算机的计算与分析功能，但是，由于受传统的手工会计工作主要是事后核算的影响，实行会计电算化的医院大多存在着重视报账功能忽视管理功能的现象。就目前医院会计电算化的应用现状来看，会计电算化的使用还停留在记账、算账、应付会计报表水平上。
缺乏会计电算化方面的专业人才。目前，许多会计核算软件的使用人员和管理人员，大都是由过去的手工会计、出纳等经过短期培训而来。他们在使用微机处理业务的过程中，不能灵活运用软件处理的会计数据进行财务信息的加工处理。当计算机运行出现问题时，计算机维护人员又大多是计算机专业出身，对财务知识了解不深，所以不能把计算机知识和会计等财务知识融合在一起。
医院会计的每一次变革，都直接导致医院会计核算的重大变动。医院财务人员既要熟悉两个制度变化，又要尽快掌握新会计软件的操作和应用。出现这样或那样的问题是难以避免的。尤其是软件开发商，用户多工作人员少，发现问题不能及时上门服务，造成时间上的拖延也是可以理解的。
建议委托具有一定实力的软件开发商，编制适合医院应用的会计核算软件，起码每个省市使用的软件最好能统一起来，有利于工作指导和会计资料的汇总。
3.制度的超前和缺失造成药品核算办法不一
国家在2011年试行药品零差价销售减少的差价收入，要通过3个渠道予以弥补：一是增加药事服务收入；二是提高部分医疗收费价格；三是增加财政补助。
新医院会计制度取消了“进销差价”科目，国家在进行两个制度培训时，没有讲清非试点医院的药品如何进行核算，地方也没就此做统一规定，其结果造成药品核算办法不一。调查发现有3种核算办法：
(1)以存定销的管理办法。该办法是医院购进药品时批发价入库，药库调拨药房仍以批发价计价，对患者按零售价销售。该办法不在设“进销差价”科目，符合了新医院会计规定。其弊端是对药房的零售金额控制难以做到，月末药品销售成本要倒挤出来（上月库存加本月调进减本月库存），那么月末库存金额需要通过盘点方能得出来，因此，该办法早在1979年就不再使用。
如果医院计算机管理系统能控制药房的批发价和零售价格，月末又能提供实际消耗金额，上述办法也是可取的。
(2)零售价核算办法新医院会计制度没有了“进销差价”科目，如还按零售价格进行核算，必然要采取变通的办法。其做法是：在“库存物资”科目下设“进销差价”一级明细科目进行核算。
这种核算办法记的结果是账表不符，在填制报表时应进行调整：
借：库存物资一进销差价贷：库存物资一药品
(3)还有部分医院也按零售价进行核算，不同的是把进销差价在往来科目中进行核算。我们认为，不管何时实现药品零差价销售，也需要对药品核算办法做一个统一规定；我们意见不管何种核算办法都应该遵循药品进、销、存的规律，实现药品数量、金额同步核算，做到相互印证，做到实耗实销，避免损失浪费。
4.两个制度的实施导致部分医院负债率提高
固定资产起点的提高和管理办法的改变导致部分医院固定资产总额下降，这部分医院多为建院时间早、规模较大，其房屋、设备多年没有更新，对房屋进行的大型修缮支出没有增加固定资产，加上多年没有进行过固定资产清理。因此，新规定的实行，一个医院减少的固定资产达一亿元之多，固定资产额减少而负债金额并没有减少，导致了医院负债率的提高。
多年来，国家对医院尤其是城市医院基本建设的投入不足，药品周转资金不足，各级医院赊销药品已成为普遍现象。医院的改、扩建大都依靠医院自筹资金解决，大型医疗设备的添置和更新也要靠自筹解决。
医院负债经营已成为一个重要的融资方式和发展手段。医院的长期负债多是医疗用房的改、扩建和购买大型医疗设备形成的，短期内医院负债经营的局面难以改变。今后，医院负债率的提高，必将受到融资的制约。
医院负债经营，是不得已而为之的临时措施，应该肯定其积极作用。“负债经营在一定程度上缓解了医院建设中资金不足的问题，促进了卫生事业发展，符合人民群众的根本利益”。就目前出现的问题，进一步加强医院负债的管理与监督，认真贯彻新医院财务管理对负债的管理规定。“医院原则上不得借入非流动负债，确需借入或融资租赁的报主管部门会同有关部门审批，并原则上由政府负债偿还”气5对全成本核算看法不一，有待提高认识全成本核算直接关系着每个科室、每个员工的切身利益，牵涉面广，难度大，已成为医院改革发展的焦点问题。医院搞科室成本核算没问题，但距离全成本核算还有一定距离。
5 .对全成本核算看法不一， 有待提高认识
5.1成本核算项目不确定性
医院和企业不同，医院医疗服务的过程中产出服务项目，而不是某种产品。并且医院提供的服务会因其技术、设施条件、医疗水平和病人具体需求等，使医疗服务的成本有所不同，从而导致成本核算缺乏统一的标准加大成本核算的不确定性。
5.2医院全成本核算方法复杂
在实践中，医院成本核算成功的经验不多，还缺乏一套规范的制度和方法，很多具体问题的处理还没有定规，致使医院无法对成本核算进行规范，影响到了医院成本核算的进程。所谓的科室全成本核算，首先涉及的就是科室的划分问题，医院规模的大小不同科室的划分肯定不同，科室涵盖的内容也不同，二级医院科室设置都有几十个，三级医院科室设置100多个。每个医院资产、人员构成不同，医疗成本不同，造成同样规模医院成本差距很大，同类医院成本没有可比性，对主管部门指导工作缺乏参考价值。
5.3行政、后勤管理费用过高
没有收入又不能为医院直接创造财富的行政后勤部门，这些人员一般发平均奖，其院领导和中层领导其奖金系数分别在2.0和1.0以上，平均奖与科室成本控制关系不大，这些部门的工作人员没有降低成本以获取超额奖金的动力。最终导致医院行政、后勤管理费用过高。创收科室的成本经过分摊行政、后勤部门的间接成本导致成本增加的幅度比较大，挫伤创收科室积极性。5.4科室全成本核算结果没有作为分配的参考依据调查中发现有些医院财务部门搞科室核算，而奖金由经济管理办公室进行分配。医院财务部门变成了为科室核算而核算，为了完成会计制度要求的科室全成本报表，而不得为之的一项负担。
进一步提高医院全成本核算意识，把科室全成本核算结果作为职工分配依据，调动医院实行科室全成本核算积极性。解决好医院的成本核算问题，仅仅依靠医院的财务部门难以做好，应利用全成本核算的契机，推动医院行政管理改革、后勤社会化改革、人事制度改革等一系列改革措施的实施，减少医院运营间接成本，提高效益。
6.没有基本数字表，不利于财务分析
财务分析是医院财务管理工作的重要组成部分，财务分析报告的完成，会计数字和有关基本数字是不可或缺的依据。传统的医院财务分析一般包括：医院业务开展情况分析、医务劳动效率分析、财务状况分析、医院结余情况分析、医院效益分析和财产物资利用分析等。新医院财务制度增加了“医院财务分析参考指标”，该分析指标的设立增加了工作量。
各省市应根据当地实际情况，设立基本数字表，会同会计软件开发商，增加财务分析功能，自动生成财务分析报表。以利财务部门写出合格的财务分析报告，满足医院领导决策需要。
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