正确处理单位财务管理与会计核算的关系
现阶段会计集中核算工作依据的是“财务管理”与“会计核算、监督”相分离的原则，但“分离”不能造成“脱节”。实施会计集中核算后，会计核算中心行使的只是日常会计核算和监督职能，单位财务会计人员原有的筹集资金，正确执行经财政部门批准的经费预算和财务计划，管理本单位的财产物资，制定本单位具体财务管理办法；参与单位业务活动计划制定，当好领导的参谋和助手等职能不变。从客观上讲，实行会计集中核算后，注销了单位的银行账户，会计核算和监督的职能从原单位分离出来交由会计核算中心异地统一行使，容易造成财务管理与会计核算、监督的脱节。为防止两者脱节，在目前会计核算中心职能未做大的情况下，要求单位财务人员在单位负责人领导下，除做好本单位的报账工作外，还要继续搞好经费预算管理、固定资产管理，做好财务收支活动的分析、总结；根据会计信息为领导提供决策依据等财务管理工作。同时核算中心要注重同试点单位的联系，加强对账与盘点工作，切实做到账账相符、账实相符。并且随着部门预算、国库集中支付等项财政改革政策的出台，试点单位财务管理工作更需进一步加强。从这种意义上讲，实施会计集中核算后，试点单位财务人员肩上的担子不是轻了而是更重了。有些部门和人员误认为会计集中核算后单位财务工作全部交到核算中心了，财务人员没有用武之地了，这种认识是不正确的。否则，将导致试点单位财务人员锐减、财务职能弱化的现象。如不及时予以纠正，将不利于单位加强经费管理，不利于各部门工作的正常开展，不利于保证国有资产的安全完整。
正确处理监督和服务的关系
实行会计集中核算后，财政监督的职能发展到了一个新阶段。首先，使单位内部会计监督转变为刚性较强的外部监督。会计集中核算后，虽然在资金的使用上各单位责权不变，但失去了直接控制和使用资金的权利，所有业务开支须在会计核算中心核报，一切业务置于核算中心的监控之下，束缚了一些人的手脚，给铺张浪费等腐败现象亮了红灯。其次，会计集中核算实现了财政部门对财政资金支出的全程监督。实行会计集中核算后，会计核算中心可以通过对试点单位全部经济活动中每笔具体会计收支事项合规性的核报，实现对单位开支标准、部门预算、收支两条线等多种财政政策执行情况的监督，从而达到对单位财务管理全过程的监控。
会计集中核算使会计监督的职能在深度和广度上发展到一个新的水平，有利于从源头上遏制财政资金挤占、挪用、截留、浪费等违纪违法现象的发生。但会计核算中心的根本宗旨是为试点单位提供优质高效的服务。为把这个根本宗旨落到实处，一是在实际工作中要始终坚持全心全意为试点单位服务，寓监督于服务之中，在服务上狠下功夫。二是要努力提高工作人员的业务素质。三是要保证资金运行安全完整。四是要采取“走出去、请进来”的方法，广泛认真听取试点单位领导及工作人员对中心工作的意见和建议，不断改进工作，进一步提高工作水平和质量。
正确处理现行开支标准与实际支出的关系
在会计集中核算实践中，比较突出的矛盾之一是现行行政事业单位开支标准与具体繁杂的实际支出有较大差距，如何把握好既坚持规章制度，以达到节约经费，提高资金使用效益的目的，又实事求是地处理好实际开支的报销问题，以保证试点单位正常业务活动的开展，这是对中心工作人员业务素质和职业判断能力的严峻考验。一方面，作为实践产物的制度和标准总是滞后于实践本身的发展，如果对超出标准的开支一律不予报销，则有可能影响各部门、各单位行政任务的完成和各项事业的发展；另一方面，没有规矩不成方圆，统一财务制度开支标准是行政事业财务工作中正确处理事、人、钱、物四者之间关系的主要依据和标准。如果对超出规定的开支只要单位审核后就一律报销，这不仅违背了财务制度，放弃了会计监督，而且还可能助长不正之风和腐败现象，最终也不利于各部门、各单位行政任务的完成和各项事业的发展。因此，处理好执行制度与实际支出的关系尤为重要。
关于会计核算中心的职能定位和发展趋势
1.会计集中核算有利于部门预算改革的执行。
部门预算改革的主要内容是：制定科学合理、符合实际的定员定额标准，改进和完善预算支出科目体系，细化预算编制。预算单位所有的收支都严格按规定标准和相应的科目列入预算，实行预算内外资金统管。预算一经审核批准，财政部门和预算单位都要严格遵照执行；财政部门对各部门实行从预算编制、预算下达、资金拨付到资金使用的全过程监督管理，并注重追踪问效。实行部门预算，各预算单位则必须建立集中统一的财务管理体制，将原来分散的、多头管理的资金统一集中编制一本预算，统筹规划，统一安排。在行政事业单位实行会计集中核算制度，建立集中、统一、高效的会计核算体制，虽然各预算单位的财务自主权、资金使用权和领导签字权不改变，但其原先多头开设的账户被取消，所有资金将纳入由会计集中核算中心统一开设的账户，所有开支在单位审核的基础上再经会计核算中心审核入账，从而保证了各预算单位开支符合财务会计制度和部门预算，有多少钱办多少事，专款专用，防止资金相互挤占、挪用。
2.会计集中核算符合财政国库管理制度改革方向。
国库集中收付制度包括预算收入集中入库和预算资金集中支付两方面。实行会计集中核算，统一开设账户，相应设置总会计、资金会计、统管会计等会计岗位，负责各单位现金、转账、汇兑等资金结算和经费拨入、支出、往来款项的收付等业务。专项业务支出按照限额审批程序审批后，集中在核算中心支付。日常零星开支建立备用金制度，各单位凭发票到核算中心报销。通过实行会计集中核算，能够全方位、全过程掌握和监督各单位每笔资金的流向、流速、流量，从根本上杜绝在预算执行中的克扣、截留、挪用等现象，从而逐步建立起“统一收付、统一核算、统一管理”和“单一账户”的国库集中收付制度形式。
另外，会计集中核算亦是国库集中收付制度的有效补充。这是因为：（1）国库集中收付制度解决了预算资金收付环节的控制问题，可以从源头上控制预算资金的使用方向。但是如何保证对使用财政性资金数额较大的单位和项目，真实、准确地了解其资金需求，参与预算编制的全过程，以及对财政资金到位后的日常管理和监控问题，仅依靠国库集中收付制度还不能完全解决。通过会计集中核算，一是可以使财政监管深入到预算编制的各环节，具体参与和了解预算编制及用款情况，从根本上提高预算的科学性和准确性。二是实行会计集中核算可以加强对预算单位日常的财务管理，提高财政资金的使用效率。（2）国库集中收付制度改革是一项复杂的系统工程，涉及到财政管理体制，同时还需要建立一套先进的财政收付信息系统和银行支付制度，会计集中核算先进的计算机网络系统，以及与银行在同一大厅办公的优势为国库集中收付制度的建立奠定了坚实基础。
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