现行的增值税会计核算方法是为了配合税制改革而多次进行补充逐渐形成的，笔者认为仍存在一些不足之处。
一、存货成本缺乏可比性。按规定，企业从一般纳税人购进货物，其进项税额予以抵扣；从小规模纳税人购进货物只能取得普通发票，价税是不可分离的。这就导致了企业同样的存货，因购进渠道不同，其存货成本项目构成不同，而缺乏可比性，当购进货物改变用途（如用于在建工程、职工福利等），按规定其进项税额不予抵扣：应通过“进项税额转出”贷方专栏转到商品成本中。这也导致了同一批存货因使用方向不同，其存货成本产生差异，而缺乏可比性，此外，由于新的差率退税出口政策打破了原有等率退税格局，对于出口退税差额（未退税部分）也是结转到商品销售成本中这又导致了出口货物与非出口货物的成本缺乏可比性。
二、进项税额核算与税收征管的不协调。增值税专用发票进项税额抵扣制度最初采用的“票到扣税法”。此法的运行产生了一些负面影响，主要有发票违章案件严重，导致税款大量流失；企业间相互开具专用发票，造成税款后移，国家资金被企业长期无偿占用等。于是1995年将“票到扣税法”改进为“货到扣税法”、“付款扣税法”。无疑，这对解决上述负面影响起到了作用，但同时与增值税会计核算产生了不协调。如果待允许抵扣时进行账务处理，不符合会计核算的“权责发生制”原则和“及时性”原则；如果按取得专用发票时进行账务处理，又会出现超前抵扣，不合税法要求。目前，许多企业月末将取得发票的商品价款暂时入账，下月初再红字冲销，待合乎抵扣条件时再进行正常账务处理，这无疑又增加了会计核算的工作量。
三、交纳税金的会计核算有违会计核算“明晰性”原则。根据财政部财会字（1995）22号文件《关于对增值税会计处理有关问题补充规定的通知》规定，企业应在“应交税金”科目下设置“未交增值税”二级科目核算企业当月上交上月未交的增值税以及企业月终转入的应交未交增值税和多交的增值税（由“应交税金——应交增值税”的“转出未交增值税”借方专栏和“转出多交增值税”贷方专栏转入）。这样，对于交纳增值税这一同一经济业务分别在两个不同的明细科目核算，交纳当月增值税借记“应交税金——应交增值税（已交税金）”科目；交纳上月的增值税借记“应交税金——未交增值税”科目，显然有违会计核算的明晰性原则，使本来清晰、简单的经济业务变得模糊、复杂。
四、“应交税金”科目的属性混淆不清。设置“应交税金——未交增值税”科目的目的在于将应交未交的增值税与待抵扣进项税额区别开来，防止其相互抵冲而超前抵税。现行的“应交税金—一应交增值税”科目，期末若有余额只能在借方，表示尚未抵扣的进项税额。这不仅在形式上符合资产类科目的特点，而且在内容上也属于企业的资产。进项税额实质上是上一个销售环节的纳税人向国家交纳增值税后，将这部分税款转嫁到本企业，将由本环节纳税人继续向下一环节纳税人转嫁或向国家申请退税。显然，进项税额是货物的附属品，属企业的流动资产，而“应交税金——未交增值税”在性质上属企业的流动负债。因此，“应交税金”一级科目反映的是其所辖两个明细科目互相推销的余额，其属性混淆不清。
五、造成资产负债表结构信息失真。在现实生活中，生产性企业为了保持生产的持续、稳定经常一次性购入大量原材料，商业企业也会由于季节性销售需准备足量库存商品，出口企业其出口应收的退税款也会因备齐有关证件往往往下一季度才能收到或结转到下季抵扣（企业出口销售额小于当期全部销售额50%.现行“货到扣税法”、“付款扣税法”势必造成“应交税金——应交增值税”科目经常出现借方余额，且有时数额较大。如将本属于企业这么大的资产与有关负债混合列示在“未交税金”项目中，必将造成资产负债表结构信息失真。不能正确反映企业的财务状况和税金的交纳情况。
为解决上述问题，笔者认为应将现行增值税会计核算方法作如下改进：
一、购进货物，不论是增值税专用发票还是普通发票，都采用价税分离的方法核算存货成本。对于普通发票中不能抵扣的增值税记入“管理费用”科目。这样，对企业既是一种制约，又符合成本法则和税则。企业无进项税额抵扣，是一种经济制裁，促使其认真使用和管理增值税专用发票。同理，对改变用途的存货和出口退税差额，其进项税额转出时，也记入“管理费用”科目。
二、考虑到增值税转嫁性质的特殊性及在我国财政收入中所占地位的重要性，建议将“应交税金——应交增值税”明细科目升格为“增值税”一级科目，下设“待扣税金”三栏式明细账和“进项税额”、“减免税款”、“出口抵减内销产品应纳税额”、“转出未交增值税”、“销项税额”、“进项税额转出”、“出口退税”7个专栏的多格式明细账。删除目前“已交税金”、“转出多交增值税”两个专栏。当企业取得专用发票，但材料尚未入库或商品尚未付款时，借记“增值税——待扣税金”科目；材料入库或商品付款时再将其结转到“进项税额”专栏，即借记“增值税——进项税额”科目，贷记“增值税——待扣税金”科目。这就协调了进项税额核算与税收征管的矛盾。期末（转账前），比较多栏式明细账借方专栏合计数和贷方专栏合计数，若借方专栏合计数大于贷方专栏合计数，则表示尚未抵扣的进项税额，结转到下期；若借方专栏合计数小于贷方专栏合计数，则为本期应交增值税，通过“转出未交增值税”专栏转出。即借记“增值税——转出未交增值税”科目，贷记“应交税金——未交增值税”科目。这样，“增值税”科目期末余额只能在借方，表现为企业的一种待转嫁的流动资产，从而划清与“应交税金”科目上混淆不清的界限。“应交税金——未交增值税”科目贷方表示转入的企业未交增值税，借方表示企业已交的增值税，不再区分税款的时间界限，从而统一了交纳增值税这一业务的会计处理，并使之简便明了，
三、编制资产负债表时，将“增值税”科目期末余额列入“其他流动资产”项目中，将“应交税金”科目期末余额列入“未交税金”项目中，从而解决了资产负债表结构信息失真问题。
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