一、必须加强对计算机系统的硬件和软件的管理
随着计算机在会计工作中的应用，管理部门对由计算机处理的各种数据、报表等会计信息的依赖程度越来越大，这些会计信息的产生只有在严格的控制下，才能预防或减少使用计算机犯罪的可能性，保证其可靠性和准确性。会计部门必须针对计算机系统的特点，制定对用于会计工作的计算机硬件和软件有关的操作管理制度和系统维护管理制度。
实行会计电算化后，会计人员必须操作计算机才能进行会计核算工作，如果操作不正确会造成系统内数据的破坏或丢失，影响系统的正常运行。因此为了保证系统的正常运行，完成预定任务，保证系统内各种资源信息的安全与完整，应制定严密的计算机操作管理制度，包括会计软件的操作工作内容和权限，操作密码的严格管理，预防会计数据未经审核而登入机内账簿，保存上机操作记录，计算机病毒的防范措施等制度。与此同时加强日常使用管理，防止各种非法人员上机操作，为计算机设备创造一个良好的运行环境，保护机内程序和数据的安全。
系统维护管理包括硬件维护与软件维护两部分。硬件维护主要是在系统运行过程中出现硬件故障时，及时进行故障分析，并作检查记录，在设备更新、扩充、修复后，由系统维护人员安装和调试。建议在硬件维护工作中，一般故障由本单位电算化维护人员负责，较大的故障应及时与硬件生产或销售商联系解决。系统软件维护主要是检查系统文件的完整性以及系统文件是否被非法删除和修改，以保证系统软件的正常运行。软件维护主要包括正确性维护、适应性维护、完善性维护三种。正确性维护是指诊断和改正错误的过程；适应性维护是指单位的会计工作发生变化时，为适应新情况而进行的修改活动；完善性维护是为了改善已有功能的需要而进行的软件修改活动。
二、实行严格的授权控制
为了防止系统非法介入、篡改或发生舞弊行为，必须实行严格的授权控制。利用财务软件权限控制功能，通过对不同人员权限的分配、设置密码等手段对上机操作和动用系统资源加以控制。由于计算机软件开发人员对软件的结构和设计相当熟悉，他们有能力也有机会进行非正常的数据修改，因此，必须对其操作权限进行严格的限制，不允许软件开发人员有会计记账、修改、出纳等权限。为此，主管会计应熟悉财务软件，严格掌握操作人员的权限确定权，从而达到保证操作权限控制的有效性，进而保证会计信息和会计资料的真实性、合法性。
三、建立数据管理制度
首先，应加强会计数据的安全维护管理，确保会计数据和会计软件的安全保密，防止对数据和软件的非法修改和删除。主要工作包括：必须经常进行备份工作，以避免意外和人为错误造成数据的丢失，每日必须对计算机内的会计资料在计算机硬盘中进行备份。对磁性介质存放的数据要保存双备份。其次，应制定会计电算化系统发生意外事故时会计数据的维护制度，以解决因发生意外事故，而使数据混乱或丢失的问题。最后，应制定数据录入管理规定，随着企业管理信息化的发展，会计核算中许多原始凭证资料除手工输入外，还可能来源于供应链系统等其他系统，对需要处理的原始凭证的正确性和完整性的审核，使用具有智能化校验功能的设备，能够及时有效地发现原始凭证的错误，确保会计凭证的质量，减少审核工作量。
四、建立财务人员的内部牵制制度
财务软件的应用，要求企业对内部职能进行分工，按内部牵制原则合理分工，从而可以在工作中互相制约、互相监督，防止工作差错或故意舞弊等现象的发生。实行电算化后，一些传统的核对、计算、存储等内部会计控制方式均被计算机内部控制方式轻而易举地替代，如总账和明细账都由计算机根据审核后的会计凭证自动登记和归集，取消了手工条件下两者的核对工作，但同时记账凭证的审核工作变得更加重要。一些企业对记账凭证的审核实行除在计算机系统内签字确认外还要求在打印的会计凭证上盖章确认，这就增强了审核的安全程度。另外，还应注意任何先进手段都是被人掌握和操纵的，一些传统的企业内部会计控制制度，如职务分离控制、业务程序控制等仍将有效地发挥积极作用。在采用新的内部控制手段时，不能完全放弃传统的内部控制方式，而应根据计算机系统的特点对传统的人员内部牵制制度等作相应调整，防止因人员分工不当而发生利用高新技术和电脑舞弊犯罪之类的情况。
五、采取防错纠错措施
要充分发挥财务软件的防错、纠错、提示、预警等功能，预先设置非法对应科目、凭证必有必无科目、计划定额指标等，使企业会计处理的所有步骤都必须经过相应程序的检验，如出现错误不进行纠正，则系统会拒绝进行下一步骤的操作，对偏离计划定额的情况，可予以警示，从而防止错误和舞弊的产生，保证数据处理、预算制度的可靠性。
六、严禁反记账与反结账
按照财政部制定的《会计核算软件基本功能规范》的要求，在财务软件中，会计资料输入计算机并经审核记账后，不能修改，如需修改，则需要重新输入一张红字冲销凭证和一张正确凭证，再据以记账，这种处理方式对修正内容、修正理由及相关责任人都留下了记录，只有这样才能保证会计信息的质量和可信度。但有些实行会计电算化的企业，常常采用反记账与反结账办法修改会计数据。
反记账与反结账就是将已经记账或已经结账的会计数据恢复到记账或结账前的状态，然后对已输入且已保存的记账凭证再作修改、插入和删除操作，并使已输入凭证的凭证号顺序重新排列，这样做，其会计账簿的真实性难以保证，也无法给审计留下任何线索，故应要求实行会计电算化的企业或单位严格按照《会计法》与《企业会计制度》的规定进行会计凭证、会计账簿的填制、登记、更正。财政部门应严格要求软件开发企业按照《会计核算软件基本功能规范》的规定，开发高质量的会计软件，严格修改并限制操作权限，严禁反记账与反结账功能。
七、加强会计档案管理
电算化会计的档案管理主要是指打印出的各种凭证、账簿、报表、存储会计数据和程序的软盘及其他存储介质，系统开发运行中编制的各种文档以及其他会计资料。会计档案管理是实行会计电算化后会计工作连续进行的保障，是电算化会计信息系统维护的保证，是保证系统内数据安全与完整的关键环节，也是会计信息得以充分利用的保证。
会计档案管理的具体做法是：①对由原始凭证直接录入或手工录入计算机的会计凭证，均应由计算机打印输出，记账凭证上应有录入人员的签名或盖章，稽核人员签名或盖章，会计主管人员的签名或盖章，收付款记账凭证还应由出纳人员签名或盖章。打印输出生成的记账凭证视同手工填制的记账凭证，按《会计人员工作规则》、《会计档案管理办法》的有关规定立卷归档保管；②应保留现金、银行存款订本式日记账，手工登记账簿与计算机生成账簿并行；③对一般账簿可根据实际情况和工作需要按月、按季或按年打印，发生业务少的账簿可满页打印；④总分类账可用“总分类账本期发生额及余额对照表”替代；⑤对存有会计信息的磁性介质改其他介质，在未打印成书面形式输出之前，应妥善保管并留有副本，以便在电算化系统出现故障时进行恢复，这些介质都应视同会计资料或档案进行保存；⑥会计电算化系统开发的全套文档资料，视同会计档案保管。
八、提高会计人员业务素质
实行会计电算化后，会计人员只需输入记账凭证后，登记各类账簿和编制报表工作即由计算机完成，凭证的输入和审核成为主要任务，操作计算机成为会计人员的基本技能。但财务软件的使用可能因操作人员水平不高等因素导致用计算机生成的会计凭证、会计账簿、财务报告在格式、内容以及会计资料的真实性和完整性等方面不符合《会计法》与《企业会计制度》的要求。目前我国会计人员素质偏低、对电子计算机方面知识掌握不多，因此应提高会计人员的业务素质，加强会计电算化培训，使会计人员能够熟练地操作计算机，掌握会计软件的各种自定义功能（包括定义各种转账公式、数据来源公式、费用分配公式等）和各种管理功能，充分发挥财务软件的管理功能，为企业的经营管理和决策服好务。
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