1.在审计线索方面。在会计电算化中，计算机的使用改变了会计记录的存储与处理方式，给收集审计信息和查找审计线索带来了困难。首先，在案头审计阶段，税务机关如何收集企业财务系统中的信息是一个关键问题。从目前情况看，存在两大障碍，一是企业采用的数据库不同；二是跨国集团公司全球使用统一的财务系统，多为英文记账。其次，在现场审计阶段，由于原始凭证或记账凭证一经输入计算机，账簿登录及汇总报表都通过程序自动完成，因而使审计人员难以像在手工操作环境下那样对经济业务进行直观的对比追踪审查。
2.在审计内容方面。电算化会计信息系统的特点及其固有的风险决定了审计的内容包括对计算机处理和控制功能的审查，具体应当包括系统的开发与设计，会计软件的程序，数据文件以及内部控制的审计等。同时，以下情形的出现也会对税务审计的内容产生影响：一是无纸化交易的会计确认和内部控制，以及无纸化数据的安全性给审计人员带来重大挑战；二是系统集成，使会计数据与管理数据联系起来，导致审计范围扩大了；三是现代信息处理技术和信息网络技术为企业管理提供了快速信息联系，企业外部信息的引入，使审计对象也发生了变化。
3.在审计技术方面。由于审计的内容扩大到电算化系统程序、系统的设计与开发、数据文件与内部控制方面，传统手工审计已不能适应现行企业的实际情况，迫使审计人员采用相应的计算机技术。www.lunwen.net.cn比如：利用计算机进行大量、复杂的分析性复核工作；借助计算机完成统计抽样工作；对会计电算化系统的程序、内部控制制度、数据文件及计算机系统的可靠性进行测试等等。
4.在审计人员方面。企业现代管理技术的运用，给税务审计人员的素质提出了更高的要求，税务审计人员要有现代科技的观念，否则是不可能完成有效的税务审计工作。审计人员不仅要有丰富的财会、审计知识和技能，熟悉税收政策，还应掌握计算机知识及其应用技术，掌握数据处理和管理技术，以及提高英语水平等。
二、电算化会计系统实施后的税务审计对策
1.加快开发涉外税务审计软件。《涉外税务审计规程》引入了全新的审计技术，要求采集企业大量的财务数据进行各种比较分析，通过对31户大型企业电算化会计系统的调查及其对税务审计的影响与对策分析，大家一致认为，对电算化企业进行税务审计，仅靠手工操作几乎是难以进行和完成的。因此，依靠计算机辅助审计已势在必行，涉外税务审计软件的研制和开发已刻不容缓。
2.健全会计电算化系统有关税务审计的法律规定。目前《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》只规定采用计算机记账的纳税人，扣缴义务人将其记账软件、程序和使用说明书及有关资料抄送税务机关备案，而对会计软件系统在税收管理上未作具体要求。建议在征管法中增加有关实施电算化审计的条例。明确规定审计人员和纳税人的法律权利和义务，对电子数据的合法性和采用的磁介质审计证据作出明确规定，以利于电算化审计的顺利进行。
3.加强对税务审计人员素质的培训，培养一批跨学科的税务审计人员。涉外企业的电算化会计系统有相当一部分采用的是国际上通用的财务软件，且大多为英文体系。这就要求审计人员不仅要有传统审计人员应具备的会计、税收、法律等知识，还应有计算机，英语等方面的知识，而目前税务审计人员在英语、电脑操作等方面都精通的人员不多，整体素质有待提高。所以，要加大英语、电脑知识的培训力度，配合税务审计软件的开发试行，全面提高审计工作水平。
4.改进装备条件。目前，企业普遍具有配备齐全、性能高的计算机设备，且能及时更新换代。税务部门尤其是基层税务部门，硬件环境差强人意。建议加大计算机设备投入（如便携式电脑，外出审计的必需品），改善原有装备，以保证审计工作的开展。
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