一、会计无纸化问题
电子商务的流行必将促使企业信息系统全面计算机网络化，在会计方面表现为会计系统与企业的其他业务计算机系统化实现无缝联结。由此产生下面两个问题：
（一）会计习惯性的数据原件问题。法律上最有效的证据是记录业务发生的原件，在手工会计环境下，企业的经济业务发生均记录于纸张上，按会计数据处理的不同过程分为原始凭证、记帐凭证、会计帐簿和会计报表。这些纸张上的书面数据形成会计人员所熟悉的会计证据原件，这些纸质原件的数据若被修改可容易辨别出修改的线索和痕迹，这就是传统纸质原件的基本特征。但是，在计算机网络信息系统中的电子商务（无纸贸易）使原来纸质的会计原始凭证的数据直接记录在磁盘或光盘上，由于对电子数据非法修改可做到不留有窜改的痕迹，这样就很难辨别哪一个是业务记录的“原件”。然而，在电子数据形成和存储管理过程加强控制和传统观念转换的条件下，电子数据像纸张凭证一样可作为会计的原件。如果法律上不承认电子数据可作为数据“原件”，那么电子商务的许多数据就要模仿手工操作的方法形成纸张式的原件，会计的无纸化也就无法开展，也必定影响电子商务的推广和普及。
（二）电子会计数据的法律效力问题。在法律能否接受计算机记录的电子会计数据（无纸化数据）作为有效的证据，已是一个国际性的问题。特别地，无纸化的电子会计数据能否作为审计和税务检查的有效证据，是会计面临的亟待解决的问题。就目前的会计电子化实务看，有关法规对企业要求将计算机记录的原始数据都要打印到纸张上并由责任人签字，可作为审计和其他法定需要的证据。但这种做法是计算机网络应用初期的暂时性措施，随着电子商务的不断普及，电子数据作为有效的会计证据和法律证据是必然的。联合国在70年代已经由其国际贸易法律委员会开始研究这一问题，于1996年12月由联合国通过了下正式的法律范本《电子商务示范法》，明确指出电子数据可作为有效的法律证据，但必须满足基本条件：
（1）电子数据的生成、存储和传递过程是可靠的；
（2）有关责任人（包括交易业务的对方）已以某种加密数字签字确认；
（3）执行数据专人管理和确保数据的完整性等。类似这样的法律的制定是推进我国电子商务开展和计算机网络化会计的当务之急。
二、电子原始数据的审核和确认
在现有会计电算化环境下，绝大多数会计还保持着传统的纸张式的凭证审核和手工编制会计记帐凭证，因而，在这种电算化初期情况下会计原始数据的审核仍然可用传统方法。然而在电子商务流行的情况下，面对“无纸”的会计数据，会计人员特别关心的是怎样审核和确认存放在计算机系统中（以磁盘或光盘存储）的数据与业务发生时的原始形式是一致的。磁盘和光盘的数据可通过适当的计算机工具修改并且可以做到不留任何修改“痕迹”，因此，确保这些电子数据是以原始形式保存下来是无纸信息系统的关键。所以，会计要审核一份企业交易的电子原始数据，就不是简单地像传统会计的审阅纸张式原始凭证那样，而是要考虑到电子原始数据生成的确认，数据存储的管理控制以及传递过程和方法的可靠性。
（一）电子数数据生成的确认。按传统会计审核，原始数据可认定是原本的，一般以业务发生的时所作的纸张记录的凭证（如发票、合同和支付转帐单等）为基本依据，并在一笔业务的不同种类原始凭证之间作比较核对，同时要确认凭证上的有关责任人签名的有效性。在纸质的凭证上的签名证实书面材料，会计人员很容易辨识。但对电子商务中发生交易业务的电子数据审核，除了对一笔业务的不同数据记录之间核对外，还要特别关注业务经办人、批准人、签约人等人员的电子签字以保证有关责任人对业务和相应记录的完整性负责。会计怎样认证这种的电子签字的有效性也是一个不可忽视的问题。电子签字若是现在大多数会计核算软件中用那种普通的汉字或字母代码填写，就容易产生伪造和舞弊，会计人员就无法辨认这些数据的真伪性。解决签字有效性的做法是采用加密码签字。
（二）交易业务数据的存储管理和电子数据传递过程的可靠性。企业交易（采购和销售等收支业务）数据一经确认就不再作修改，它是企业会计信息系统的最基本和最重要的数据。在手工信息处理系统下，一般把原始凭证用复写方式产生几份凭证分发给不同的部门作为业务发生的依据并分别保管；在计算机化环境下，是以业务发生时在不同的门（特别强调在会计部门）同时形成相同的业务数据几份“原本”，并且形成备份数据，同时几备份数据和计算机系统内的数据应由不同人员保管，以保持相互牵制和审计线索，防止有人企图修改已确认的数据。许多电子数据需要通过计算机网络进行传输的，传输的数据是否准确和安全，涉及到计算机网络技术的可靠性和网络系统的安全管理问题。因此，会计人员也必须想办法解决会计电子数据安全的问题。
在无纸化的信息系统环境下，电子原始数据审核和确认后，就可利用会计记帐凭证编制的软件模块自动生成电子记帐凭证，自动形成后的电子记帐凭证就不让任何人进行修改，而且可由这些电子记帐凭证或电子原始数据可直接生成帐簿数据和会计报表，这些由电子原始数据直接生成的电子记帐凭证、电子帐簿和电子报表都是派生性的数据。如果所用的软件的是正确的，会计系统中的派生数据的正确性、真实性和完整性完全取决于电子原始数据。傅元略 [责任编辑：编辑部]
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