1.行使职权的方式不同。行政管理实行首长负责制。工作中的重大事情虽然也召开行政会议如局务会议、政府常务会议讨论，要求民主决策，但一般只讨论，不表决，而是由行政首长一人最后决定；而行业管理实行集体行使职权，重大事项要通过理事会集体讨论、审议、表决、才能形成效力，秘书处作为理事会的日常办事机构，没有重大事项的决定权。理事会的理事作为组成人员的一分子，只有一票表决权且只有参加会议才能行使权力，不能单独行使权力，所有成员的表决权完全相等，这就是通常我们说的“集体有权，个人无权”和“一人一票制”。
2.上下级关系不同。行政管理实行上级领导下级，一级管一级且下级一定要服从上级，上下关系是“条条”关系；而行业协会不存在上下级领导关系，只是在业务上，上级对下级进行指导和监督，因此上下级之间是“块块”关系。
3.权力约束和办事程序不同。行政管理强调权力人必须严格依照法律规定的权力和程序办事并自觉接受人民群众的监督；行业管理由于上述行使职权的方式与行政管理截然不同，行使职权时就强调民主，因此，在权力约束和办事程序上特别强调法定人数原则和少数服从多数原则。在召开理事会时，必须符合法定的到会人数才能举行，对各项议题的表决和选举投票，规定了必须获得全体成员的过半数比例才能通过或当选，同时要少数服从多数，在民主的基础上实行集中，做到有效地统一思想，共同促进行业的发展。
4.内部分工不同。行政管理部门内部按照行政职能的不同，划分为不同的部门，并进行垂直管理；而行业管理部门按照专业的要求，实行各专门委员会制度，通常由行业内的专家组成各委员会如注册委员会、调查委员会、惩戒委员会、行政财务委员会、专业技术委员会等，对各专业功能进行管理，秘书处及其各部对应各委员会，为理事会及其各委员会提供秘书服务工作，因此行业管理是一种网状式的管理。行业管理与行政管理之所以存在上述差别，是由于行业特点，特别是注册会计师行业的特点所决定的。注册会计师行业与行政管理部门相比较，具有如下特点：
一是注册会计师行业是知识密集型行业。行业聚集了大量的知识分子，他们有思想、有知识，这是行业实行民主管理的人本基础。注册会计师从事的工作又是一种智力工作，是靠人的知识和职业修养提供服务，创造价值，在知识不断更新的时代，要靠集体的智慧进行共同的管理，而不是任何一个人的行政命令所能为的，即使此人智慧超群、思想开明。
二是注册会计师行业是一种高风险行业。由于注册会计师为社会提供的是一种信誉产品，社会对注册会计师要求高，注册会计师对社会也承担更大的责任，通常是无限连带责任，加之审计工作固有的风险，因此决定了注册会计师行业的高风险性，为了防患和化解风险，为了提高行业的社会信誉，行业本身需要高标准、高要求，超独立性、超理性，这就决定了行业管理机制是一种自律的机制，在法律的约束下，实行自我管理、自我监督、自我服务，共同提高，共同进步、共同发展，可以说注册会计师行业是一种聚合力要求很高，群体效应很强的行业，任何一个人如果起破坏作用都会对行业造成致命的打击。
三是注册会计师行业是一种特殊行业。注册会计师行业作为一种特殊行业是相对于企事业单位行政部门而言的。会计师事务所是社会中介机构，它既不是具有政府性质也不具有企业性质，政府和企业的职能和特征都不能体现在会计师事务所上，如会计师事务所没有执法权，但会计师事务所提供的信息是政府职能部门执法和决策的依据；会计师事务所不是企业，不能以追求利润作为第一目标，很多市场原则不适用于会计师事务所如薄利多销、完全市场竞争等等，这就决定了会计师事务所需要有一个良好的执业环境，站在第三者的立场，独立、客观、公正地发表审计意见时，要考虑更多的社会利益，而不能为了追求利润，不顾职业规则，为了争揽业务，互相降价，因此政府宁可让注册会计师高收费，提供发展空间，也要保障注册会计师的社会信誉，这样才能在政府和市场之间发挥中介作用。
注册会计师行业的上述特点，要求政府在构造和管理注册会计师时不能采取一般的市场原则，而应该把注册会计师作为政府和企业之间的一种特殊情形，即要严把入门关、要采用合伙制设立会计师事务所、高风险高报酬、要实行行业自律、要坚持适度发展的原则、要依法严厉监管、要为注册会计师发展创造有利的外部环境等等。《深圳注册会计师》·郑学定
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