经过三年多时间的努力，财政部于１９９７年５月和７月分别发布了《事业单位会计准则》和《事业单位会计制度》，并规定该准则和制度于１９９８年１月１日起在全国范围内实行。将财政部原制定发布的自１９８９年１月１日起实行的《事业行政单位预算会计制度》（以下简称《原制度》），与这次新制定发布的《事业单位会计准则》和《事业单位会计制度》（以下简称《新制度》）作一比较，可以归纳出事业单位会计在以下１０个方面发生了重大的改变：
１．会计工作的法规体系有所改变
原事业单位会计工作的法规体系为：《会计法》→《事业行政单位预算会计制度》；新事业单位会计工作的法规体系为：《会计法》→《事业单位会计准则》→《事业单位会计制度》。也即事业单位的会计法规在会计制度这一层次上已与行政单位会计法规相分离，并采用“准则”加“制度”的规范模式。事业单位会计制度与行政单位会计制度相分离的主要原因，可以归纳为这样几个方面，即事业单位与行政单位：
（１）性质不同。即事业单位属于公益性质，行政单位属于政权性质。
（２）经济业务活动的内容不同。即事业单位主要从事事业活动，生产精神产品；行政单位主要从事行政活动，维持社会运转。
（３）财务管理的要求不同。即事业单位可以严格实行“核定收支，定额或者定项补助，超支不补，结余留用的预算管理办法”，预算一旦确定，一般不予调整；但行政单位则可能不一定能严格实行如事业单位的这种预算管理办法，可能需要根据行政管理情况的变化，适当增加预算的弹性，国家不能一天没有行政管理。
（４）对市场的依赖程度不同。即事业单位，尤其是有条件走向市场的事业单位，其对市场的依赖程度要比行政单位大，也即事业单位可能会有一笔数字较大的事业收入；但行政单位没有相应的“行政收入”，只有财政拨入经费。
（５）收支情况复杂程度不同。即事业单位收入来源多渠道，如有财政补助收入、上级补助收入、附属单位缴款、事业收入、经营收入等渠道，支出使用多用途，如有事业支出、经营支出、对附属单位补助、上缴上级支出等用途；而行政单位收入的来源主要依靠财政拨款，一般只有拨入经费和预算外资金收入，支出也主要是用于行政管理方面的支出，一般只有经费支出，行政单位一般要求与所属经济实体脱钩。事业单位实行“准则”与“制度”规范模式的主要原因，可以归纳为：
（１）事业单位涉及的行业较多，如科研、教育、文化、卫生、体育等，各行业在经济业务内容、活动方式、对财政拨款的依赖程度、会计核算的要求和会计管理水平等方面差别较大，必须有较高层次的会计准则规范，以确保各行业会计信息的真实性和可比性。
（２）会计准则由于其层次较高，因此，内容不可能具体，为便于实务工作者实际操作，就有必要再根据准则制定制度，制度就比较详细具体，基层单位可以依照其规定具体操作。改革后的事业单位会计工作的法规体系更加完善。
２．会计与财政的关系有所改变在《原制度》中，将会计核算与财务管理的内容混合在一起，如“第四章货币资金的核算与管理”，“第五章全额预算收支的核算与管理”，“第六章预算外收支的核算与管理”等等，内容杂乱。在《新制度》中，着重规范了会计核算工作，突出了会计核算的方法，而将财务管理的要求全部纳入《事业单位财务规则》和有关行业财务制度中。这样，《事业单位会计准则》和《事业单位会计制度》与《事业单位财务规则》和行业财务制度两者相辅相成，相得益彰。通过改革，会计与财务的关系得到了理顺。
３．会计主体有所改变在《原制度》中，将事业单位的会计主体认为是预算资金活动，即“以预算资金活动作为记账主体”。这使得事业单位变成了是国家财政的一个报销单位，事业单位加强自身经济管理的观念淡薄。《事业单位会计准则》第四条明确规定“会计核算应当以事业单位自身发生的各项经济业务为对象，记录和反映事业单位自身的各项经济活动。”这就从概念上明确了事业单位是一个会计主体。事业单位会计主体的确立，有利于事业单位加强自身的经济管理，提高资金使用效益，同时也有利于事业单位以主体的身分参与市场竞争，谋求自身发展。可以认为，事业单位会计主体地位的确立，是这次事业单位会计改革的最主要的内容之一，事业单位会计要素的改变、会计核算平衡公式的改变、预算内外资金核算方法的改革以及会计报表的改变等，都在某种程度上体现了事业单位的会计主体地位。
４．确定了会计核算的一般原则在《原制度》中，只注重对具体会计核算方法的规定，没有对指导会计核算工作的一般原则作出全面而系统的规定。这种情况对提高事业单位会计信息的质量带来很多不利的因素。《事业单位会计准则》第一次集中、全面而又系统地提出了１１条会计核算的一般原则。这１１条一般原则是：客观性原则、适应性原则、可比性原则、一致性原则、及时性原则、清晰性原则、收付实现制和权责发生制原则、配比原则、专款专用原则、实际成本原则、重要性原则。会计核算一般原则的确定，对于统一协调各部门、各行业事业单位的会计核算具有重要的作用。
５．会计要素有所改变在《原制度》中，设置了三个会计要素，即资金来源、资金运用和资金结存。很明显，这是计划经济体制下的产物，事业单位围绕资金运动组织会计核算，不确立事业单位会计地位。《新制度》对此作了根本性的改变，确定了资产、负债、净资产、收入和支出五个会计要素。这五个会计要素的设置，体现了事业单位的会计主体地位，有利于事业单位的会计信息更好地满足各有关方面的需要，也有利于国际交流。
６．记账方法有所改变在《原制度》中，记账方法规定采用资金收付记账法。这与当时事业单位的资金主要依赖财政预算资金以及由此采用收付实现制的记账基础相关。《事业单位会计准则》第八条规定“会计记账采用借贷记账法”。改变记账方法的原因可以归纳为以下两个方面：
（１）目前的事业单位已经形成收人来源多渠道、支出使用多用途的基本格局，经济业务越来越复杂，资金收付记账法难以适应，而借贷记账法有一套完整、严密而科学的方法体系，能适应新形势下经济与社会事业发展的需要。
（２）目前，企业会计通过改革，已经全部采用了借贷记账法，国际上也普遍使用借贷记账法，为与国内企业会计以及与国际会计交流方便起见，事业单位也采用借贷记账法非常有必要。
７．会计核算平衡公式有所改变在《原制度》中，会计核算平衡公式为：资金来源－资金运用＝资金结存。该公式是一个资金平衡公式，无法全面、正确地反映事业单位的财务状况和收支情况，没有体现事业单位的会计主体地位。在《新制度》中，会计核算平衡公式为：资产＝负债＋净资产。采用这个公式不仅有利于在会计核算上能明确区分债权人权益和净资产的增减变化，而且还能全面反映事业单位的财务状况，为政府提供宏观管理所需要的经济信息，为事业单位本身提供有利于加强自身经济管理的有用的信息，为有关方面提供决策有用的信息。新公式体现了事业单位的会计主体地位。
８．会计科目的设置有所改变在《原制度》中，事业单位的会计科目按全额预算管理、差额预算管理和自收自支预算管理单位分别设置三套会计科目，并且还按预算内资金和预算外资金分别设置两套会计科目。会计科目的设置不可谓不复杂。在《新制度》中，所有事业单位统一设置一套会计科目，即会计科目不再按三类预算管理单位设置，也不再按预算内外资金设置，而是按新的会计要素设置。这样设置会计科目的原因，可以归纳为以下两个方面：
（１）《事业单位财务规则》取消了三类预算管理单位的区别，所有事业单位可以认为全部是接受财政的补助，无非是补助金额的多少，补助的金额也可以为零。这样，在各事业单位之间，就不再是阶梯式的差别了，而是平滑式的差别，这有利于国家对各事业单位进行更为科学的经济管理。由此，事业单位的会计科目也没有必要再区分三类预算管理单位，分设三套会计科目。
（２）《事业单位财务规则》对事业单位实行“事业单位预算应当自求收支平衡”的做法，即事业单位预算内外的资金实行统一运行，综合平衡的做法。因此，会计科目也没有必要再区分预算内外，分设两套会计科目了。应该说，《新制度》科目的设置，比《原制度》更科学更简明。
９．预算内外资金的核算方法有所改变《原制度》实行预算内外资金分别运行，各自平衡的做法。这与计划经济体制下国家包办事业单位，事业单位的绝大部分资金来源于国家财政，预算外资金数字极小相关。《新制度》对预算内外资金实行统一核算，综合平衡的做法。这是因为，随着市场经济的发展，政府支持和鼓励事业单位合理组织业务收入，增强了单位自我发展的能力。由此，预算外收入较大幅度的上升，并直接影响到事业单位的生存和发展。事业单位大量的预算外收入通过抵支收入转入预算内，抵顶事业经费的不足。预算内外资金的分别核算、各自平衡就好像是一个单位有两套账，各自分别记账、算账和报账。预算内外资金不能统筹安排和合理调度，已经影响了资金的有效使用，也影响了会计信息的真实性。为此，《新制度》规定，事业单位实行预算内外资金统一核算、综合平衡。事业单位对各项资金统一核算，统一管理，形成资金合力，这不仅有利于国家加强财政的宏观调控能力，而且也有利于事业单位更合理更有效地使用资金，保证事业活动的需要。同时，这样做也可以使事业单位提供全面、合理、真实、准确和完整的会计信息。预算内外资金统一核算，综合平衡的作法，也体现了事业单位的会计主体地位。
１０．会计报表体系有所改变《原制度》的会计报表，主要有资金活动情况表、经费支出明细表、拨入经费增减情况表、预算外收支明细表、差额单位收支情况表、专用基金收支明细表、产品收益表等。这些报表主要为财政服务，区分三类预算管理单位，区分预算内外资金。《新制度》规定，事业单位的会计报表主要包括资产负债表、收入支出表、附表及会计报表附注和收支情况说明书等。事业单位会计报表的改变，突出了基本会计报表的地位，同时也简化了事业单位的会计报表，会计报表所提供的信息更加符合国际惯例。《新制度》规定的会计报表，体现了事业单位的会计主体地位，对政府加强宏观管理，促进事业发展必将起到十分重要的作用。
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