1、法人治理结构不健全，内部组织架构尚不合理。内控目标的实现，要靠完善的组织结构作保证。我国国有商业银行目前还没有普遍按照现代企业制度的要求，建立董事会和监事会，内控组织体系缺乏真实的所有者主体。再者，内部审计部门尽管已相对独立，但还没有建立起内审部门直接向董事会和最高管理层负责的体制。另外，国有商业银行基层分支机构按行政区划设置的格局并未完全扭转，机构层次过多，环节过多，降低了内部控制的灵敏度，增加了组织运行的风险。
2、对内控制度重要性的认识存在偏差。国有商业银行内部的某些管理者错误地认为，建立内控制度就是建章立制，有了规章制度，就等于建立了内控制度，忽视了内控制度是一种业务运作过程中环环相扣的动态监督机制；也没有意识到管理者和相关业务部门在内部控制过程中应当承担的职责，仅仅把内部控制当作上级对下级的管理手段；还有的把内部控制与业务发展对立起来，片面追求业务扩张，忽视了风险控制。
3、对管理者缺乏有效的监督制约。任何严密的规章下都隐含着这样一个前提：管理岗位上的人员是可靠的、尽责的。但实践证明，由于存在信息不对称，内部组织结构及分工不合理，管理者也有的不可靠，也就是说，权力必须有一定的监督和制约，否则，再好的规章制度也会因为管理者的疏忽大意而无法发挥作用。我国商业银行对业务经办人员的内控制度比较健全，而对于各级管理者，特别是基层机构负责人，则有不少控制盲点，近年来发生的一些金融案件表明，对部分基层机构负责人制约不严、监督失控是案发的主要原因。
4、信息渠道不畅。由于国有商业银行分支机构管理层次多，信息的收集、传送、分析的手段落后，加之信息存在失真现象，致使全面、准确、快速传输信息的目标无法实现。从纵向上看，一些政策及相关实施程序没有较好地贯彻到每一位员工，员工对自己在内控程序中所起的作用并不清楚；从横向上看，信息的交流没有畅通的渠道，许多信息无法共享。信息不能及时准确地提供，不仅不能发挥其在内控中的重要作用，势必会影响或误导下一步的控制对策。
5、部分内控制度的建立相对滞后。近几年来，金融业务发展较快，新情况、新问题不断涌现，老的制度不能覆盖所有的风险点，新制度又没能及时完善充实，致使内控出现盲点，造成一定的风险隐患。
国有商业银行内控制度中存在的上述问题，若不及时加以解决，很可能给商业银行带来风险，影响到商业银行经营目标的实现，甚至可能危及银行的生存。因此，面临人世后激烈的国内外市场竞争，商业银行必须加强内部控制体系的建设与完善。
1、建立有效的法人治理结构和合理的组织架构。有效的法人治理结构和合理的组织架构是商业银行内控制度发挥效率的制度保证。要从根本上强化国有商业银行的内控制度建设，产权制度改革是一个无法回避的现实问题。股份制是被证明的现代企业制度的最有效的组织形式，对国有商业银行进行股份制改造，实现股权多元化，可以改变目前产权不清、职责不明的状况，建立一个目标明确、权责利相对应的有效制衡的法人治理结构，使国有商业银行成为真正意义上的商业银行。合理的组织架构对内部控制的效果也起着至关重要的作用。商业银行应按决策系统、执行系统、监督反馈系统相互制衡的原则设置银行的组织结构，选用合理的组织管理形式。在横向上做到权利制衡，各部门之间在合理分工、职责分明的基础之上做到既相对独立又相互牵制；在纵向上做到减少管理层次，精简机构的同时加强对下级机构的控制，建立完善的矩阵式的组织格局。
2、培育诚信敬业的企业文化，坚持以人为本的管理思想。员工的职业道德水平、胜任能力和诚信度是影响企业内部控制环境的一个非常重要的因素。良好的企业文化氛围，不仅有助于提高员工的综合素质，使人的自觉行为与制度对人的行为约束有机结合，也有助于防范道德风险。因此，应通过培育金融企业文化，营造良好的内控文化氛围。建立以提高员工素质和敬业精神为核心的人力资源管理制度，通过多层次、多渠道的培训，提高员工的政治、业务素质和职业道德素养；创造公平、平等、择优的用人环境，建立健全有利于优秀人才脱颖而出的选任用人机制；建立健全对员工尤其是管理人员和决策人员的考核、任用、监督管理制度，认真贯彻执行干部交流、岗位轮换、任期离任稽核制度。通过教育与管理、激励和约束的有机结合，从根本上解决国有商业银行内控制度建设中的“人”的问题。
3、建立和完善有效的风险评估和监测制度。一个有效的内控体系，必须对影响银行内控目标实现的各种风险进行连续的评估，以便及时地防范和化解这些风险。因此，国有商业银行必须建立和完善重要业务风险评估和监测制度以及预警体系。通过事前的风险评估，为业务部门决策提供参考，减少决策的盲目性，通过事后的连续性评估和跟踪监测，采取各种必要的有效控制程序来减少风险。
4、建立和完善对各项经营管理活动的控制制度。首先，应建立完善的责任分离、程序制约与岗位制约制度。大力推行内部工作的目标管理，制定规范的岗位责任制度、严格的操作程序和合理的工作标准；按照不同的岗位，明确工作任务，赋予各岗位相应的责任和职权，对责任适当分离，建立相互配合、相互分离、相互制约的工作关系。其次，要完善业务控制制度。在健全资本金制度、实行资产负债比例管理的基础上，对各项业务建立完善的内部监督与风险防范制度并严格实施，特别要注重建立和分析具体的业务流程，针对业务流程中的关键风险点设计专门的管理控制制度。第三，要按照规范化、授权分责、监督制约、账务核对、安全谨慎原则建立严密的会计控制制度，加强会计检查，确保财务会计信息的完整性、准确性、客观性和有效性。第四，建立可疑情况报告及检查等欺诈控制制度，并通过教育、示范、监督与技术控制，防止内外部欺诈行为的发生。在对各项业务进行控制时，还应当注意借助计算机建立“计算机风险控制系统”，将各项业务的风险控制指标及规程等内容进行计算机程序化处理，形成一个完整的系统，并将其应用于对各项业务的控制活动中。
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