就外部控制制度而言，即通过制订、完善与注册会计师相关法律法规体系，进一步完善独立审计准则体系，加强现代企业管理制度的执行等措施来降低注册会计师的审计风险。
内部控制制度，主要是注册会计师有从事的审计业务即对合计会计报表的审计过程来实现。一般包括：审计准备、审计实施和审计终结三个阶段。由于审计风险始终贯穿其中，因此，有效地控制审计风险必须控制审计的三个阶段。
一、审计准备阶段审计风险的控制
审慎选择被审单位，选择一个好被审单位在很大程度上可以减少或部分降低审计风险。在决定承办审计事项后，为了做好审计计划工作，注册会计师应充分了解被审单位的经营业务及所属行业的基本情况，以便弄清楚对会计报表具有重大影响的事项、交易及惯例。认真调查了解被审单位的内部控制制度。对被审单位的内控制度进行评价时，首先要调查了解被审单位的内控制度的执行情况，并做好记录；其次，要对被审单位的内控制度实施符合性测试程序，证实有关内部控制制度的设计和执行效果；第三，要对被审单位内控制度的强弱程度进行评价，即评价被审单位的控制风险水平的高低。
若内控制度执行得好的被审单位，相应的控制风险也较低，反之亦然。了解被审单位内控制度的实施情况，可以确定在内控制薄弱的领域扩展审计程序，以便在实质性测试过程中采取相应的对策来降低审计风险。与业务委托人签订明确的审计业务约定书，并取得其管理当局声明书。审计业务约定书具有法律效力，它是确定会计师事务所与委托人之间权利和义务的重要文件。它规定了所执行业务的性质、审计对象、双方的责任即会计责任和审计责任等事项。被审单位管理当局声明书是一份表明其对所提供的会计报表及相关资料的真实性，并对审计工作不加以限制的书面证明，这对减轻注册会计师的审计风险具有十分重要的作用。
二、审计实施阶段审计风险控制
根据审计计划确定的范围、重点、步骤和方法等，进行取证、评价，借以形成审计结论，这是实现审计目标的中间环节。它是审计全过程的中间不可缺少的步骤，其主要工作应包括：对被审单位内控制度的建立和遵守情况进行符合性测试，根据测试结果修订审计计划；对会计报表项目的数据进行实质性测试，根据其测试结果进行评价、鉴定。在这一阶段中，注册会计师不可能把全部的错误事项都审计出来，所以审计风险总是存在的。这就要求注册会计师自己应严格遵循专业标准的要求执业，时刻保持慎重的警惕，尽量降低审计风险。
在审计过程中，注册会计师应特别注意以下几点：
（1）对于接近资产负债表日的大量产品销售收入应执行有关的审计程序；
（2）对资产负债表日后一段时间的有关业务的执行必要的审计程序；
（3）公司的经营突然与一贯方式不同（可能有其实际上的需要，企业为适应环境的变化），但注册会计师必须谨防经营者借改变经营方式创造虚假的利润；
（4）对于收益的确认必须注意有无其他附带条件存在；
（5）对于不寻常或不合常规的交易，应保持谨慎态度，只凭合同上的法律文字或条款是不够的，注册会计师需凭其敏锐的专业嗅觉，对于合同条款加以认真仔细查核。对于合同上未列示的可能附带的约定，应保持高度警觉。
在注册会计师注意到表明可能存在违法行为的迹象时，他应获取对这种行为及其产生环境的了解，并获取充分、适当的审计证据来评价它对财务报表的可能影响。在进行这种评价时，注册会计师应当考虑：
（1）潜在的财务后果。如罚款、刑事处罚、被没收财务的损失、强制停业及诉讼等；
（2）是否要求揭示潜在的财务后果；
（3）潜在的财务后果是否严重，以致对财务报表的真实性和公允性产生了影响。
此外，注册会计师在发展被审计单位内控制度存在重大缺陷时，应将他的发现记录工作底稿中（包括取得记录底稿和文件的副本），并与管理部门交换意见。甚至，在认为必要时，应向管理当局出具管理建议书。
三、审计终结阶段审计风险控制
出具审计报告、作出审计结论和决定是审计的终结阶段，即审计的最后阶段。因为会计师事务所不同于一般的企业，审计质量是会计师事务所整体工作的生命线。如果一个会计师事务所质量不严，很有可能因某一个或一个部门的原因导致整个会计师事务所遭受灭顶之灾。所以，在审计工作底稿编制成后，在签发审计报告前，通过一定的程序、经过多层次的复核显得十分必要。通过对审计工作底稿的复核，可以减少或消除人为的审计误差，可以降低审计风险，提高审计质量。另外，在出具审计报告之前还应与客户交换意见、进行沟通，使双方达成共识，减少矛盾的发生。
四、审计风险控制还应采取的防范措施
（一）注重重要性问题。重要性与审计风险是注册会计师必须慎重考虑的两个问题，对不影响会计报表客观、真实的次要事项，可以适当忽略。注册会计师必须将重要性重化后运用于整个审计过程中，合理解决好它们之间的矛盾，这样可以更有效地控制审计风险。
（二）防止或减少诉讼失败所造成的损失。会计师事务所应当按照规定建立职业风险基金，办理职业保险。
（三）聘请法律顾问。会计师事务所应聘请熟悉相关法规和注册会计师法律责任的律师担当其法律顾问。
（四）注重学习新知识。注册会计师有取得执业资格后，还，需要不断学习，补充新的知识，跟上经济发展的步伐。
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