一、农村信用社内控制度的不足
由于内控制度制度建设是一个系统工程，必然会受到各种相关因素和客观情况制约，使得现行的内控制度或多或少都存在着一些问题。农村信用社内控制度的不足，具体来说主要表现在以下几个方面：
1、对内控的认识出现偏差
目前主要有三种不良的倾向：一是把信用社内部控制看成是执行信贷指令的单纯会计检查，无法综合反映信用社的经营目标和内部管理要求；二是把信用社的内控部门当作应付中央银行、上级部门及政府各检查人员的接待单位，内控机制流于形式；三是曲解内控机制的内涵，内部控制功能局限于事后，不能从根本上消除隐患。
2、内控制度本身建设的滞后
信用社现行许多制度是从传统的计划经济时代演变而来的，有些制度虽经不断修订，但尚未从根本上进行改革。现行会计报表没有严密反映出全部计息科目的积数、平均余额、平均利率，也没有反映一个行一年决算应该收到多少和付出多少利息的数据。没有利息收支总额的控制，就难免产生了隐瞒收入或扩大支出的行为。这是会计核算制度上的一个漏洞。
3、职能部门之间、岗位之间缺少必要的制约和监督
各职能部门上下自成体系，各自为政，工作指导只针对本部门，相互之间缺乏协调、制约和监督。本来计划部门通过计划报表可以制约信贷部门的违章拆借，计划部门可以制约会计部门的利率执行。但各部门没有真正发挥相互制约和监督的作用。另外，信贷岗位的审贷分离制度、会计岗位的交叉复核、储蓄岗位的事后监督制度必须严格执行，而且各岗位之间没有真正做到相互制约和监督。
4、对权力缺乏有效的制约手段
信用社实行的是多级法人制，而且目前信用社的“三会”基本上是流于形式，民主管理制度不健全，因此，多数信用社实际上已演变成内部人控制，对信用社主任行使的权力缺乏有效的监督。
5、稽核部门的监督职能弱化
主要原因是：第一，审计地位不超脱。稽核部门作为联社的内部机构而存在，这种稽核管理体制，不能对由于主任决策失误造成的损失进行有效的监督。第二，稽核部门不能独立行使监督职能。稽核部门要对主任负责，对审计查出的，不经主任同意就不能上报，不能独立作出处罚决定。第三，监督的滞后性。稽核部门是对已经发生的经营行为进行事后监督，没有渗入到经营管理的开始与过程中进行监督。第四，审计机构与审计人员缺乏必要的地位和权威。
二、内部控制制度的测试
企业内部控制制度审计是现代审计的一种模式，主要是通过对内部控制制度的审查、分析和测试，研究和评价其可信程度，从而对其做出鉴定。实施审计过程中，可以采取抽样审计为主，全面审计为辅的原则，对企业内部控制制度的各个重要环节做出全面测试和评价，不仅对会计数据的可靠性、合规性和合法性进行审查，而且对各项经济业务的责任行为和数据产生的条件以及内部控制制度本身的科学性、严密性和贯彻能力进行审查，据以确定制度的可信赖程度。内部控制制度审计的基本方法有以下两种：
（一）了解内部控制是内部审计部门检查农村信用社内部控制的首要步骤。通过对内部控制制度的调查，可以了解和掌握被审计社的内部控制制度是否建立健全；制度本身是否完善，有无缺陷，即对内部控制制度的系统化和健全化作一般的、大概的、形式上的了解和掌握。
（二）若要确切掌握被审计社内部控制制度在实际贯彻执行中的可行性、有效性，审计人员必须在对内部控制制度调查的基础上，进一步查证核实制度的执行情况及发挥作用的程度，从而确定内部控制制度的缺陷和薄弱环节，为评价信用社工作提供依据，达到审查内部控制制度的目的，这项工作称为符合型测试。符合性测试是为了确定信用社内部控制的设计和执行是否有效而实施的审计程序。符合性测试是在了解内部控制的基础上，来确定其设计和执行的有效性。具体的测试方法有以下两种：
1、流程测试
即按照信用社内部控制系统的主要流程，对其中各个控制点的实际执行情况进行全面检查。这种方法也称为“穿行测试”。通过流程测试，可以全面地评价内部控制系统各个控制点的执行情况、发挥的作用、存在的问题，以及整个控制系统是否有成效，据以作出评价结论，促进信用社改进管理，加强内部控制。
2、重点验证
即针对信用社内部控制系统中的某些重要的控制点，采用重复验证、凭证稽查、实地观察等方法，来判断控制点的执行情况和发挥作用的程度。下面主要介绍实地观察和凭证稽查两种方法。
（1）实地观察。即稽查人员根据业务流程，到信用社某些处理业务的部门即重点控制环节进行实地观察，核实其内部控制制度的实际执行情况，同时将各个方面观察结果进行归纳、评价，从而判断该部门内部控制制度的执行情况和使用效果。例如对信用社贷款业务内部控制制度的实地观察，应到计划部门、信贷部门、会计部门等几个关键部门进行实地观察，看其对贷款政策、制度、原则、操作规程等内部控制制度的实际执行情况和执行效果。
（2）凭证稽查。即稽核人员通过检查凭证要素，对信用社内部控制制度的实际执行情况和执行结果得以了解和掌握。例如，通过检查信用社计息、收费、赔偿金业务的有关凭证，可以观察到支付利息、收取各项手续费、赔偿金是否按规定的利率和收费标准，计算是否正确，发现计算错误是否按规定办理补退款手续，等等。任何一家信用社都有规定的凭证流转程序，这一程序体现了各有关人员在办理业务过程中的职责、相互联系、相互制约、复核和核对等内部控制制度的基本原则。由此可见，凭证稽查是内部控制制度稽核的一个重要环节。
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