一、内部控制结构
内部控制结构包括三个部分：
（一）控制环境。所谓控制环境是指对建立、加强或削弱特定政策和程序效率发生影响的各种因素，具体包括：管理者的思想和经营作风；企业组织结构；董事会及其所属委员会，特别是审计委员会发挥的职能；确定职权和责任的方法；管理者监控和检查工作时所用的控制方法，包括经营计划、预算、预测、利润计划、责任会计和内部审计；人事工作方针及其执行；影响本企业业务的各种外部关系等。
（二）会计系统。会计系统规定各项经济业务的鉴定、分析、归类、登记和编报的方法，明确各项资产和负债的经营管理责任。健全的会计系统应实现下列目标：鉴定和登记一切合法的经济业务；对各项经济业务按时进行适当分类，作为编制财务报表的依据；将各项经济业务按适当的货币价值计价，以便列入财务报表；确定经济业务发生的日期，以便按照会计期间进行记录；在财务报表中恰当地表述经济业务以及对有关内容进行揭示。
（三）控制程序。控制程序指管理当局所制订的用以保证达到一定目的的方针和程序。包括下列内容：经济业务和经济活动的批准权；明确各个人员的职责分工，防止有关人员对正常业务图谋不轨和隐藏错弊，职责分工包括指派不同人员分别承担批准业务、记录业务和财产保管的职责；凭证和账单的设置和使用，应保证业务和活动得到正确的记载；对财产及其记录的接触和使用要有保护措施；对已登记的业务及其计价要进行复核。
二、证券公司内部控制存在的问题
由于内部控制设计本身存在的局限性和证券公司内部各种因素的影响，证券公司的内部控制往往存在很多问题，主要表现为：
（一）法人治理结构不完善。
虽然证券公司已经建立了由股东大会、董事会、监事会以及经理层构成的法人治理结构，但在实际工作中各个管理层的职责划分并不很明确，所以也很难严格按照《公司法》、《证券法》等有关法规进行运作。
（二）资金和业务控制的问题。
目前我国的证券公司大部分都缺乏中长期资金的来源和渠道，从而导致其在经营决策上的短期行为，无法根据自身长期发展的需要设计投资经营的战略。由于自有资金的严重不足，特别是流动资金的不足，生存与发展的压力迫使其开始参与各类违反证券市场规定的业务，例如挪用客户保证金、大量变相拆入资金、变相吸收各种公司存款、非法套出银行信贷资金等违规行为。特别是近几年来一级市场包赚不赔的现状，使许多没有证券自营资格的经纪证券公司利用各种形式和手段违法经营自营业务。由于内部控制制度的执行不力和设计不足，造成资金和业务管理的混乱。
（三）公司内部行使控制职能的管理人员滥用职权、蓄意营私舞弊、恶意串通等行为，会使相关内控制度失去作用。例如营业部的会计人员和电脑部人员相互串通，非法修改证券交易系统数据，在其控制的若干保证金账号上空添资金，从而挪用资金用于个人股票买卖，从中牟利，然后再以凭空减少资金的方式将挪用的资金填回，以隐瞒其挪用资金的行为；或者与其他企业合作，利用非法资金炒股等。内部控制作为企业管理的一个重要组成部分，它理所当然要按照管理人员的意图运行，执行出了问题，内部控制也就失去了控制效能；而且，处于不相容职务的人员相互串通，失去了相互制约的基本前提，内部控制也就很难发挥作用。
（四）内部审计。很多证券公司都设有内部审计机构一审计部，但是内部审计人员的工作常常是走马观花，很少进行真正意义上的审计，往往是遵循领导的意愿，审计部门形同虚设。
另外，公司职员素质不适应岗位要求、实施内部控制的成本效益、临时控制不及时等因素都会影响内部控制制度的作用。
三、建立健全证券公司内部控制制度
公司应按照中国证监会的要求制定合理、有效的内部控制制度，使得相关部门、相关岗位之间的相互监督制衡机制行之有效，保证经营活动的正常进行，最大限度地控制管理风险。
（一）控制环境
从控制环境入手，建立符合现代企业制度的组织结构，加强董事会的职能及其独立性，经理层在董事会的领导下，在日常管理活动和公司运作中正确履行义务和行使权力；提高员工素质，实行激励机制，明晰权责；明确内审部门的职责和权限，通过内部审计加强风险的评估和管理，不断地进行自我监督和改善；结合自身经营领域的特点，制定各项具体制度等。
（二）控制程序
1、业务控制。
在遵循公开、公平、公正的基础上实行垂直领导、横向监督的管理模式，实行交易审批制。即计划财务统一、资金管理统一、业务控制统一，各职能部门根据公司规章制度的规定在授权的范围内实施彼此的监督制约，二者形成相辅相成、相互监督的有机整体。董事会在章程和股东大会授权的范围内有效地行使经营决策权。重大机构设置活动、投资活动及经营活动，由有关部门进行拟投资项目的可行性研究，估算投资项目报酬与风险，报告总经理、董事会及股东大会，履行相应的批准手续后实施。重大经纪业务、资金借贷和大额现金支付、资产调整、营业部的设置必须经总经理核准。根据公司内部管理机构设置，进行层层分解落实，在年度中进行定期考核，根据考核结果总结成绩，纠正问题，达到集中控制的目的。同时，为了防范和管理证券经济业务中存在的诸多风险，根据交易特点及服务的各个环节制定相关的防范措施，避免差错事故的发生；而且在此基础上完善相关保密制度，事先明确各方的权利与义务，防止新的电子交易方式风险；制定统一的股东账户和资金账户管理制度、客户资金的存取程序及授权审批制度，对客户的开户资料制定统一保管制度；实行证券交易法人集中清算制度，严格资金的及时清算和股份的交割手续。
2、资金控制
资金的管理控制是贯穿于公司各个内部控制环节当中的，是内部控制的重中之重。根据资金管理的这一特性，公司管理层应根据资金的流向层层审批，严格资金业务的授权审批制度，强化重大资金投向的集体决策制度，凡对外开办的每一笔资金业务都要按业务授权进行审核批准，对特别授权的资金业务要经过特别批准；建立资金管理绩效评价制度，于年末考核各责任单位资金循环的成本与效益，实施严格的奖惩制度；此外，公司还应根据规定在具有证券交易结算资金存管业务资格的商业银行户头开设客户交易结算资金专用存款账户及自有资金专用存款账户用于存放客户资金和自有资金，并在符合条件账户的商业银行开设客户清算备付金专用存款账户及自有清算备付金专用存款账户，将客户和自有的清算备付金也分户管理。清算部、下属营业部应对客户交易结算资金、清算备付金实行定向划转。清算部对下属营业部的资金进行统一的管理和监督，同时接受证券登记公司及上述银行的监督，杜绝挪用客户保证金现象的发生。
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