在司法实践当中，由土地承包经营权纠纷引发的案件中有相当一部分被法院以超过诉讼时效驳回。由于诉讼时效的适用范围和土地承包经营权的性质在立法上不是很明确，土地承包经营权是否适用诉讼时效的有关规定产生了不同的认识。
案例背景：1984年，北京市丰台区花乡四合庄村实行了联产承包责任制，将该村集体所有的土地承包给该村村民。当时，村里未与村民签订土地承包合同，只用一张土地分配表记载了每户农民承包到的土地情况。当时村里决定，到村办企业去工作的村民不能再承包村里的土地。1986年至1993年期间，该村因为修建蔬菜大棚、集体花圃等，先后占用了一些农民的土地。对于被占用土地有地上物和青苗的村民，村里支付了一定的补偿费；土地上没有地上物和青苗的，村里没给予补偿。2001年10月，被占用土地和未分得土地村民中的30户村民，向北京市丰台区法院提起诉讼，要求该村集体经济组织返还土地或分配土地，并且提出了数万元至数十万元不等的补偿费。
2001年11月，北京市丰台区法院认为，30户村民的诉讼请求已过诉讼时效，不能予以支持，遂驳回了村民的诉讼请求。30户村民认为，土地承包经营权是物权，而诉讼时效的适用范围是债权，故土地承包经营权不应适用诉讼时效，于是向北京市第二中级法院提出上诉。2002年3月，北京市第二中级法院认为，原审判决并无不当，遂驳回上诉，维持原判。2003年11月，这30户村民向北京市丰台区检察院提出了申诉。在《民法通则》的“民事权利”一章中，规定了“土地承包经营权”这一“与财产所有权有关的财产权”的权利种类，成为中国民法上的一个新型的财产权利。在理论上，土地承包经营权被认为是最具有中国特色的法律制度之一，是在民法发展史上的一个前所未有的民事权利，其性质、内容、法律特征都有其新颖之处。然而，这种新颖性也使这一概念与民法上任何财产权的概念均不相同，在司法实践中产生了不同的理解，其中最重要的问题就是土地承包经营权的性质。
应将土地承包经营权定位为物权还是债权，我国学界历来就有物权说与债权说之争。要准确把握土地承包经营权的法律属性就必须从我国农村土地占有和使用关系的实际出发结合我国农村土地承包经营权历史变迁的动态过程加以考察。笔者认为，现行农村承包经营权的性质，既有债权性质的成分，也有与物权性质相近似的因素。
■土地承包经营权具有一定的债权性质
第一，农村经济体制改革开始时土地承包经营权是以债权形式出现的。这不仅是因为在集体经营制度向家庭联产承包责任制制度变迁开始时，国家并没有在法律上确立具有物权意义上的土地财产权利，更重要的是，在当时特殊的时代背景下，农民要保有自己的土地承包经营权必须完成约定的义务，只有如此才能最大限度地降低农地制度改革的成本。
第二，在家庭联产承包责任制实行之初，是发包人投资并承担风险、获得收益，承包人经营管理并依约定获取报酬，承包人仅仅负善良管理人的责任，土地承包人的权利、义务由承包合同规定。从这个意义上讲，土地承包经营权基于家庭联产承包合同而产生，土地承包人保有土地承包经营权要以对集体付出一定的对等义务为条件。
第三，土地承包经营权的稳定性和转让性等受到来自集体经济组织的限制。承包人不能自主转让承包权，而须经发包人同意，这种转让方式完全是普通债权的转让方式。
第四，对土地承包经营权人的保护，要以合同为依据，并适用合同法的法理，受制于合同法规则。
第五，从土地承包经营权的连带性上看，土地承包经营权连带于联产承包，属于农村双层经营体制的组成部分。农民以具有复杂意义的“联产”为对价，取得土地这一生产资料的承包经营权，而发包人对作为承包经营的标的物的土地，仍有相当大的支配力。
第六，从承包人与土地所有人的关系上看，上述联产承包合同关系，本质上为发包人与承包人之间的内部关系。因这种内部关系而取得的承包经营权实际上只有对人（作为土地所有人的集体）的效力，而并无对世效力。
■土地承包经营权也具有一定的物权属性
第一，现阶段我国农村土地实行集体所有制，而且这种集体所有制就其实质而言是一种社区所有制，土地承包经营权是农民基于其集体成员的特定身份所依法享有的权利。非经农民集体同意，社区以外成员不享有农村土地承包经营权，因此土地承包经营权是一种与农民社区成员身份不可分离的权利，是一种人身权。社区成员只有获得了土地承包经营权，才能在一定程度上体现其土地所有者的地位。
第二，随着农村经济体制改革的深入进行，农村土地承包经营权已发生具有普遍意义的物权化演进倾向，主要表现在：承包经营权人对承包土地拥有直接占有、使用、收益和有限处分权，土地承包经营权越来越多地成为农户进行土地转让、出租、转包、入股等的产权基础，从而具有物权的一般权能。由于我国相关法律并没有对土地承包经营权进行具体明确的规定，农民的土地转包、转让、出租、抵押、入股等都缺乏必要的法律依据，因此土地承包经营权还不是一种完全的自物权。《土地管理法》明确规定“土地承包期延长30年”，使我国土地承包经营权期限已超过一般债权法规定的20年最长租赁期限。
第三，土地承包经营权是《民法通则》第五章第一节所直接规定的权利，是具有排他性的财产权，而学界通常认为该节是对物权制度所作的规定。
因此笔者认为，土地承包经营权是在特定历史条件下以债权形式出现的、具有一定自物权属性的、且呈现具有普遍意义的、物权化变迁趋势的、特殊的土地权利。
■目前仍应适用诉讼时效
诉讼时效的适用范围为债权及其救济权，既然土地承包经营权具有债权的性质，那么就有适用诉讼时效的必要性，以促进土地承包经营权人及时行使权力，避免法律上的权利义务关系与事实上的利益关系长期脱节，以稳定社会秩序。同时，也降低诉讼中的证明费用，从而降低诉讼成本。土地承包经营权具有的这种债权属性，是理论上其适用诉讼时效的决定性因素，也是司法实践当中土地承包经营权适用诉讼时效的依据。
当然在司法实践中，由于许多地区没有签订书面土地承包合同，土地承包经营权受到侵害的时效起点难以确定等等情况，对保护土地承包经营权人的合法权利不利。而当土地承包经营权实现完全物权化时，承包经营权人采用物权的保护方法行使物上请求权，则可以避免这一不利于土地承包经营权人的状况发生，因为物上请求权通常适用于诸如土地承包经营权等各种继续性的侵害行为。但是这有待于法律对此作出更为明确的规定，目前对关于土地承包经营权的纠纷仍以适用诉讼时效为宜。
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