一、部门预算编制的审查
由于部门预算编制工作刚刚起步，现在行法律法规对人大及其常委会如何开展审查监督尚无明确的规定，应该说是个全新的课题。
一是要不要审查。虽然法律法规没有对此作出具体明确的规定，但可以认为，既然法律规定了政府预算由本级各部门的预算组成，部门预算是政府预算的基础，那么法律法规对政府预算进行审查的有关规定，可以延伸至对部门预算的审查，以提高政府预算编制的可靠性和真实性，这也是预算制度改革的一个重要目的。因此，市人大常委会在2001年人代会前对市级预算初步审查时，一并审查了市政府5个试点部门的预算编制情况，今年人代会前又审查了12个市级预算部门的预算草案，并将这些部门预算草案提交市人代会会议审议或备查。
二是审查哪些内容。人大对部门预算草案的审查应当依据法律法规的规定和预算制度改革的要求，结合本地实际，遵循需要与可能和“一要吃饭，二要建设”的原则，突出重点内容进行审查。南京市人大的做法是，着重对收支是否平衡;收入是否合法、合规，支出是否合理、透明，是否做到收支不挂钩;公用经费标准、项目资金安排是否合理;农业、教育、科技等经费安排是否符合法律的规定;综合经济部门与专业部门安排的项目是否一致，资金安排是否合理到位;预算外收入是否全部纳入预算管理或财政专户管理;是否编制政府采购预算等行政管理论文发表方面进行宙查。
三是审查程序如何进行。南京市人大常委会认为，对部门预算草案的审查也应按照一定的程序来进行，应与本级预算草案的审查基本同步，略有提前。他们在审查中采取的程序是，参加政府年度部门预算编制工作动员部署会议，提前介入，了解预算编制的要求和标准等情况;确定部分提交市人代会会议审议或备查的预算部门;进行初步审查，主要是开展调查研究，听取计划、审计、物价等部门的意见，听取预算部门的汇报，征询代表和专家的意见，听取人大各工作机构的意见;最后提交市人代会会议审议或备查。
四是审查意见怎么处理。根据预算法的规定，人大对本级预算予以审查和批准。部门预算是本级预算的组成部分。随着预算制度改革的深入，人大在审查本级预算时，对部门预算的审查也将不断加大力度，但是不能批准。而对部门预算审查意见的处理，是全部审查工作的落脚点，必须以适当的方式反映出来，以促进政府部门依法理财、规范预算行为。南京市人大常委会在人代会前汇总各方面的意见，形成审查意见;人代会上在财经委员会向大会主席团汇报的预算审查报告中，反映出对部门预算审查意见的主要内容，并提出有关意见建议，明确要求政府应当按照财经委员会的审查意见批复部门预算;人代会后根据需要，以市人大常委会办公厅或市人大财经委员会的名义行文将具体审查意见送交政府，并督促财政部门根据人大审查的意见批复部门预算。
二、部门预算执行的监督
人大及其常委会对部门预算执行情况的监督，从总体上讲，应依据有关法律法规对本级预算执行的监督的相关规定来进行。由于部门预算具有面广量大、情况各异的特点，因此在监督工作中必须注意抓好三个环节：
一是深入知情。市人大财经委在做好日常了解部门预算执行情况监督的基础上，还在年中、年末两次听取预算部门执行情况的全面汇报，并请财政部门的领导和各有关处室负责人一同参加会议，说明情况，解答问题，以更加全面深入地了解部门预算执行情况。
二是解决问题。部门预算的实行还刚刚开始，预算执行中难免出现一些问题，市人大财经委对部门预算执行中发现的问题，及时与财政部门共同商定解决的办法，并提出意见和建议，体现了依法监督与支持促进相结合，督促问题的解决，
三是决算审查和审计监督。从今年开始，市人大常委会将依法加强对部门决算的审查，并结合审计门对同级财政审计涉及到有关部门的问题，在决算审查报告中提出意见和建议，并督促政府处理解决。现已建议市审计部门对去年度的市教育部门决算和市财政安排的市政公用企业亏损补贴资金、市市容局罚没收入资金的使用情况进行专项审计。
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