医院科室成本核算管理是一项系统工程，涉及面广。由于医疗服务项目成本复杂，医院各科室之间联系密切，综合性强，需要各部门分工协作，共同配合。划小成本核算单位，是促进成本核算与管理的关键，为此，应建立成本核算管理体系和相应配套的核算管理规章制度，在规范相关制度的基础上，重点组织实施医院质量控制考核中心和经济成本核算控制中心的运作。
一、明确医院科室成本核算原则
（一）经济原则。因推行成本控制而再发生的成本不应超过因缺少控制而丧失的收益。
（二）因地制宜原则。确定适合特定医院的成本管理核算模式，适用所有医院的成本控制模式是不存在的。
（三）全员参与原则。要求全体员工了解医院成本核算的原则方法，养成控制成本的愿望和意识。
二、成本核算管理体制的划分
医院科室成本核算管理体制分两种：一种是一级核算管理体制，即把全院的成本核算工作集中在医院的财会部门统一核算，统一管理，以医院为核算单位归集与分配费用，计算医院总医疗成本和项目成本以及每门诊人次，每住院床日单位成本；另一种是两级核算管理体制，以科室或班组为基本核算单位归集与分配费用，计算各科室、班组的医疗项目总成本，由科室或班组设立专职或兼职成本核算员负责，为二级核算管理。
两级核算管理体制即科室成本核算管理是将全院按照科室、班组划分为若干个独立的核算单位，与院外的交换和资金往来均以会计核算凭单为依据；内部科室之间的交换与资金往来以统计传票为依据，避免了纯会计核算的局限性，发挥了统计核算的优势，增强了科室和全体职工的经济意识和管理意识。
三、成本核算内容
（一）成本的分类。按总成本与服务量的关系，一般医疗成本可分为三类。一是变动成本，成本总额的变动与医疗服务量的变动之间成正比关系的叫做变动成本，如手术、治疗中所消耗的医用卫生材料、放射拍片工作中消耗的x光片等。二是固定成本，成本总额在一定时期和一定医疗服务量的范围内，不随服务量增减而变动的，叫做固定成本，如房屋等固定资产折旧费等。三是混合成本，成本总额虽随医疗服务量的变动而变动，但并不保持正比例的关系，这种兼有固定成本和变动成本性质的成本，叫做混合成本，如某些低值易耗品、取暖制冷费等。为了便于核算和控制成本，必须把混合成本分解为变动成本和固定成本两类。
（二）成本核算的内容。第一类为固定成本，即劳务费、固定资产折旧费、维修费、低值易耗消耗费、资金占用费、行政管理费、取暖制冷费七项。第二类为变动成本，即材料费、水电费、洗涤运杂费三项。将成本按定额分类后实行定额控制，结余或超支均与科室利益挂钩，丢失和损坏要照价赔偿。
四、成本费用的归集和分摊
医疗服务成本费用的分配原则首先是谁受益谁分配，受益多少，分配多少；其次是成本分配要正确合理，简便易行，避免繁琐复杂。
（一）直接成本费用按基本核算单位归集。将本期所产生的劳务费、固定资产折旧费、低值易耗、资金占用费、取暖制冷费、材料费、水电费等直接成本费用，根据实际发生“凭证”记入分类账和分户账，直接记入到各核算单位。对于辅助科室提供服务时发生的维修费、材料费、洗涤运输费等直接成本费用，可采用“工料结算单”等形式直接记入受益的核算单位。
（二）间接成本费用的分摊。将行政管理费、公共设施折旧费、公益性支出等间接成本费，按全院有收入的核算单位在班人数分摊50%，占有固定资产额的分摊50%的办法，采用“管理费用计算分摊表”计算后，记入各核算单位。
每个计算期末，各核算单位的总成本费用与收入相比，计算出结余或亏损额，并汇总出医院总成本费用额及结余或亏损额。
五、固定资产有偿占用
各核算单位的固定资产一律实行有偿占用，按使用年限提取折旧收回原值，按占用资产金额提取资金占用费和管理费。房屋与建筑物、万元以上的设备、医疗仪器按造价提取大修费。这样促使科室对固定资产科学、合理使用，以提高科室经济效益；反之，科室不爱护、不注意维修和保养，如提前报废，院里仍按原定寿命期限继续收取折旧费和资金占用费，致使科室成本提高，收益减少，承受经济损失。另外还规定，各核算单位的固定资产因保管不善丢失，不论新旧一律按新价赔偿。
六、核算的使用与四定额
（一）定人员编制。根据卫生部综合医院人员编制规定和实际工作量（开放床位、门诊人次），确定各科室人员编制指标，然后再按各科定编人数制定工作数量和经济指标定额。采取定编不定员，按实际人数定工作量的办法，超减定额按比例奖罚。每超一个定编人数，要多完成一人份工作量和收入定额。
（二）定数量指标。在人员定编的基础上，定每人份工作量指标，凡是上级有规定指标的一律按规定计算；上级没有规定的，根据各科室前三年实际工作情况和编制人数，采用历史引申预测法中的加权移动平均数公式，计算出每人工作量定额，即科室每月的工作量定额=每人份工作量定额×当月在班人数。
（三）定经济指标。根据前三年业务收支情况，采取加权移动平均数公式计算出每单位工作量收入定额和收支比例，即每人份收入定额=每个单位工作量收入定额×每人份工作量定额。
（四）定超减奖罚。在“定人员，定数量、定收支”的基础上超定额得奖，完不成任务受罚，直至将效益工资、岗位工资罚完为止。在“三定额”的基础上，人员结构、工作数量、经济指标均予量化，再制定出一个合理的超减定额奖罚比例。其原则是：付出同样的劳动代价，取得同样的劳动报酬。各科室每超一人份工作量和同比例的经济收入，不论实际收入多少，都得到同样数额的奖金。数量与经济所占的比例，临床科数量占60%，经济占40%，而医技科室则相反，数量占40%，经济占60%，按照这种方法计算出各科奖罚比例。在运作中，超额单位工作量有的科室奖励几角钱，而有的科室奖励几元钱，相差几十倍，但是几角钱的奖励同几元钱的奖励其付出的劳动代价相同。另外，经济指标中的固定成本全院统一标准，结余或超支奖罚40%；业务收入定额减去变动成本定额为科室结余（或亏损）定额，超减结余定额奖罚最少3%，最多者为40%，也相差几十倍。这样定出的方案合理可行，科室易接受，而且能调动各科的积极性和竞争能力。
（五）缺陷处罚。即在科室（包括租赁承包科室）出现规定的缺陷处罚项目时，扣罚效益工资和岗位工资，利用经济处罚来加强经济管理，确保各项制度的贯彻执行。
在美国、日本一些发达国家，医院的成本核算具体到最低一层的科室、班组或个人，每年根据医院的发展规划及对市场的预测，再分解预算到每一责任中心，年终医院总决算，各责任中心要做具体详细的决算报告，将一年的成本核算完成情况做全面的总结，医院经济核算中心再根据各部门的完成情况做出奖惩的建议报告，将一年的成本核算完成情况做全面的总结，医院经济核算中心再根据各部门的完成情况做出奖惩的建议报告，提请董事会表决。国外同我们最大的区别是他们的医院不经营药品，或者和医药公司合营药店，药品的盈亏独立核算；而我国的医院大都依靠药品养医，医疗服务的收费偏低，财政补贴太少，如果没有占业务收入50%的药品收入，医院难以生存，但药品的核算给医院成本效益核算带来了不小的麻烦。药品核算在科室核算的标准和具体方法有多种观点，也是我国医院管理需进一步讨论的课题。
“成本——效益”核算模式作为企业经济管理的一种有效手段，把它嫁接到医疗服务与医院管理中，是医院适应社会主义市场经济体制的必然选择，是市场经济条件下现代医院管理水平的象征，是医院经济管理发展和探讨的方向。
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