关于未确认投资损失
根据《企业会计准则——投资》，采用权益法核算长期股权投资时，“投资企业确认被投资单位发生的净亏损，以投资账面价值减记至零为限”。在这种情况下，母公司账面确认的投资损失不是子公司净亏损中母公司按其持股比例应分担的全部，导致长期股权投资账面价值大于子公司净资产中母公司按其持股比例应享有的部分，在编制合并抵销分录将母公司的长期股权投资与子公司净资产抵销时，该差额须通过“未确认的投资损失”科目来反映，并分别以正数和负数填列在合并利润及利润分配表和合并资产负债表的“未确认的投资损失”项目中。
关于外币报表折算差额
根据《合并会计报表暂行规定》，当母公司有境外子公司或者母公司境内子公司采用的记账本位币与母公司不同时，应将境外子公司以外币表示的会计报表和境内子公司以不同于母公司记账本位币的货币编制的会计报表折算为以母公司记账本位币表示的会计报表。折算时，由于会计报表各项目采用的折算汇率不同，会产生折算差额，该折算差额是作递延处理还是计入当期损益及母公司是否将报表折算差额确认为投资损益，我国并未明确规定。如果母公司未将折算差额调整长期股权投资账面价值，则合并资产负债表的净资产与母公司净资产会因此产生差额。
关于子公司未实现损益的分担
企业集团内部交易形成的未实现损益，编制合并报表时须进行抵销。如果子公司不是母公司的全资子公司，销售方向对母公司净利润和合并净利润会产生影响。母公司向子公司销货（顺销）时，母公司的净利润包括了内部交易的未实现损益，但子公司的净利润不受影响。子公司向母公司销货（逆销）时，子公司的净利润包括了内部交易的未实现损益，并影响少数股东损益，但母公司的净利润不受影响。财政部《合并会计报表暂行规定》和《企业会计准则——合并会计报表》（征求意见稿）均未规定内部交易逆销时编制合并会计报表如何计算少数股东本期损益。笔者认为，当未实现损益不是很大时，可采用与顺销时相同的方法全部由母公司分担；否则，应考虑在母公司和少数股东之间分摊未实现损益，因为只有如此合并个体的概念才能同时适用于母公司和少数股东。
关于交叉持股时合并会计报表的编制
企业集团内部的控股关系可分为直接控股和间接控股。间接控股包括两种形式：母、子、孙公司关系和交叉持股关系。交叉持股可分为关联附属结构关系和相互持股关系。直接持股和母、子、孙公司关系下的合并报表编制相对简单，故笔者在此仅探讨交叉持股中关联附属结构关系下合并会计报表的编制。
假定A公司持有B公司70%股份，持有C公司40%股份；B公司持有C公司15%股份。这样，A公司累计控制C公司55%股份，形成关联附属结构的企业集团。
1.A公司投资损益的确认。A公司投资损益随B公司对C公司投资核算方法的不同而不同。当B公司对C公司投资采用成本法核算时，A公司确认的投资损益为C公司净损益的40%；当B公司对C公司投资采用权益法核算时，A公司确认的投资损益为C公司净损益的50.5%（40%+70%×15%）。上述两种处理方法不影响合并净损益。
2.合并会计报表的编制。母公司对子公司权益性资本投资与子公司所有者权益中母公司所持有的份额抵销时，除了抵销A公司对C公司直接持有的40%股份外，还须抵销B公司对C公司15%的投资。当B公司对C公司投资采用成本法核算时，将B公司对C公司的投资成本与C公司所有者权益中B公司投入的部分抵销；当B公司对C公司投资采用权益法核算时，将B公司对C公司的投资账面价值与C公司所有者权益中B公司享有的部分抵销。母公司对子公司投资损益与子公司利润分配抵销时，如果B公司对C公司投资采用成本法核算，还须将C公司净损益的10.5%抵销少数股东权益，否则，不能如实反映合并净损益和少数股东损益。如果不考虑其他因素对合并结果的影响，经上述抵销后，合并净损益不等于母公司净损益。
实务工作中，关联附属结构的企业集团编制合并会计报表还有另外一种方法可供借鉴，那就是先将A公司对C公司的投资还原为成本法核算，以还原后的个别报表为基础，将A公司、B公司对C公司的长期股权投资成本与C公司所有者权益中A公司和B公司投入的部分抵销，同时将C公司净损益的49.5%确认为少数股东损益。当B公司对C公司的投资采用成本法核算时，A公司确认的投资损益为C公司净损益的40%，如果不考虑其他因素对合并结果的影响，按这种方法编制的合并利润及利润分配表的净损益不等于母公司的净损益；当B公司对C公司的投资采用权益法核算时，按这种方法编制的合并利润及利润分配表的净损益等于母公司的净损益。如果C公司另外45%股份也由合并范围内的公司持有，则无须再确认少数股东权益，且合并利润及利润分配表的净损益等于成本法核算下A公司的净损益与C公司净损益之和。
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