现阶段在各审计项目中进行的计算机审计，虽然在技术和方法上对传统审计有较大的影响和改变，但从审计程序方面来分析，计算机审计实施的过程仍然遵循传统审计的工作程序，也就是说，计算机审计的过程仍可用审计准备、审计实施、审计报告三个阶段来划分。
按传统审计的划分方式，审计准备阶段的任务是：派出审计人员进行审前调查，了解被审计单位基本情况，明确审计重点，研究制定审计实施方案，发出审计通知书。在实施
计算机审计时依然如此，只不过方法和内容有所区别。具体工作内容有：按审计调查组组内分工，承担实施计算机审计任务的审计人员要对被审计单位会计信息系统和业务信息系统进行全面调查和了解，并根据其他审计人员调查的内容和重点，确定需要采集和转换哪些数据，然后再进行数据的采集和转换。从目前大多项目计算机审计的实施过程来看，采集转换数据普遍采用了两种方式：一是要求被审计单位按要求格式和内容提供审计所需数据。二是经数据库管理员授权，由计算机审计人员直接进入被审计单位数据库系统提取数据。
实施计算机审计人员拿到需要的数据后，要根据审计需求进行数据整理。目前数据整理的方式大致有以下几种方式：一是将采集的财务原始电子数据整理成和纸质账簿相似的电子账簿，以供还未掌握数据库操作技术的审计人员能够使用电子数据进行审计分析。二是将采集的财务数据、业务数据再整理导入到专用审计软件中，以供掌握该软件操作的审计人员使用。三是将采集的财务数据、业务数据再整理成各种数据表，导入到通用的数据库操作系统软件（如SQL SERVER系统等）中，以供熟练掌握数据库操作技术的审计人员使用。
在审计实施阶段，审计人员要根据审计实施方案中的审计分工和审计重点，把计算机审计技术和传统审计技术相结合，运用分析性测试程序和实质性测试方法，对所采集转换的报表、账户等电子财务数据和相关的业务数据进行检索、查询、计算、核对、汇总等，并根据审计经验对结果数据进行分析、推理和判断，从中找出审计对象在进行经济活动时存在的问题疑点，加以确认和证实，并对照相关法规加以判断，以确定其经济活动的真实性、合法性。这一阶段计算机审计主要有以下内容：一是定义、操作和分析电子数据，查找和证实审计对象存在的问题。二是编制审计日记和审计工作底稿，记录审计过程。三是整理审计数据，形成审计证据。
在审计报告阶段，审计人员通过筛选整理审计工作底稿，确认审计证据，并据以撰写、提交审计报告，审计机关形成审计决定和审计意见书，并督促落实审计决定。在此阶段，计算机审计人员要整理审计过程中所形成的原始数据、中间结果数据和最后结果数据，整理审计工作底稿和相应的审计证据数据，充分利用法规查询系统资源提供准确、可靠的法律法规依据，并要为各类统计系统和档案系统提供相应的原始数据。计算机审计工作内容主要有：一、整理、存档审计过程中形成的相关数据。二、为统计报表、档案库、专家经验库等基础资料库提供相关数据。
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