2006年，高等教育出版社出版了我编著的《中国哲学史》一书，是我重构中国哲学史的新尝试。思考并实践中国哲学史的重新建构，是十分有意义而又非常困难的事情。我以为，重构中国哲学史，首要的问题是有关中国哲学史的研究方法论问题，而在方法论的问题上，有以下几个方面最为重要。
第一、理解的历史性与诠释的相应性
我所谓“相应的”诠释，是针对“不相应”的诠释而言的。所谓“不相应”的诠释，是指对于古代文献、古代哲学思想资料的抽象的、超历史的、粗暴的、非客观平情的、望文生义的解读。五四以来，特别是上一世纪50年代初以来，这种糟蹋圣贤的大批判几乎泛滥成灾，其流毒延续到今天，对我们的民族精神有极大的伤害。
例如前些年有关《论语•子路》篇“父子互隐”章、《孟子•尽心上》篇“桃应”章（今又称“窃负而逃”章）、《孟子•万章上》篇“象日以杀舜为事”章（今又称“封之有庳”章）的讨论，有人得出的是完全不相应的结论，竟认为舜、孔、孟、儒家是搞腐败的典型，或“违法的伦理学”，要对今天的腐败现象负责任。此论竟在北京大学某辑刊和国内若干极重要的刊物上发表，被很多人视为当然，并引伸到对整个儒家伦理的全盘否定。我实在是看不过去，不得已而对此论提出批评（详见郭齐勇编：《儒家伦理争鸣集----以“亲亲互隐”为中心》，武汉，湖北教育出版社，2004年）。
我的看法是：父子或亲人间的情感的培护，容隐制度，是东西方之通理通则，目的在护持天赋的具有神性意义的人类最基本的感情，也是人类存在的根本。当几个价值发生冲突时，人类的智慧是维护最高价值。“桃应”章是很有深意的伦理两难的设计，其高超的智慧绝非直线式的批评者所能理解。实际上，孟子师徒假设的舜的应对方略，既维护了司法公正，又避免了公权力的滥用，而以自我放逐来保全忠孝、情法之两边。“封之有庳”的设想离不开周代分封制，分封象是一种政治智慧，即对象予以管束。古代的社会、政治、法律之思想或制度与核心家庭的伦理、社群的整合、家国天下秩序的建构，是基本协调的。当然不免有矛盾与紧张。分析、评论这些资料，只能放到彼时的社会结构、历史文化、价值系统的背景上，而且要善于发掘其中有深意的、超越时空的价值。例如我国法律文化的容隐制其实与现代人权的维护有内在的关联。有人又重提此事，重申腐败论，然并无任何新证，相反更加武断，露骨地宣扬大批判方法（标榜所谓“新批判”，其实与50年代至文革的大批判在方法论上是一样的“左派”幼稚病），令人深思。
五四以来，片面的、平面的西化思潮和教育、学术结构与体制，使得我们这一代甚至前后几代人逐渐丧失了解读前现代文明（或文献）的能力。可悲的是，有的极其自负以为绝对真理在握的人，读不懂起码的中西文化经典，竟然强不知以为知。这当然主要是由其文化立场或信仰所致，以为西方的从古到今都有理性，完美得很，中国的从古到今都无理性，糟糕得很。他们不是全面理解思想系统及其背景与特性，而是由这种信仰、立场或情感出发，反过来在中西方资料去找、去挑只言片语，拉来就捧或打，或褒或贬，凡不符合这一立场或信仰的，不符合西方观念（其实是他们自认为的西方与西方观念）的，都要曲为之说。如此，既未读懂孔子，又未读懂苏格拉底，既扭曲孔子，又扭曲苏格拉底，强为比较，两相伤害。
对于自己民族的文化及其经典，应有起码的尊重，起码的虚心的态度。为什么其他国家的知识份子不必提出“同情的理解”或“了解之同情”，或没有类似的问题，而唯独我们国家、民族的知识份子必须面对这一问题？那是因为人家没有妖魔化、丑化自己的文明及其经典，没有把今人的责任推到祖宗头上去，也没有单一的直线的进化论、进步观，而我们自鸦片战争以来，把国际国内政治、经济、军事的问题，国势的问题简约化为文化的问题，一古脑儿都要文化来负责，要孔孟来负责，又把文化问题简约化为进步与落后的二分法，完全依傍西方中心论，把传统与现代打成两橛。实际上孔仁孟义、礼乐文明不仅不构成中国人走上现代的阻碍，相反是一种宝贵的资源与助力。今天一些自以为是的名流们，对自己的传统、经典非常隔膜，根本没有读，更谈不上读懂，就以居高临下的不屑的挑剔的态度，轻慢的语气，以先入之见或自己的所谓“逻辑”或文字游戏的方式，横加肢解、抽绎、批判，把浅薄当作深刻，没有一点他们标榜的“理性”态度，以此哗众取宠，争强好胜，争名夺利，取悦俗情。这种不健康的心态与学风，乃严肃的学术研究之大敌，且谬种流传，误人子弟，贻祸青年。
对于传统文化的价值理念、哲学智慧，我们体认得越深，发掘得越深，我们拥有的价值资源越丰厚，就越能吸纳外来文化的精华，越能学得西方文化之真，这才能真正使中西文化的精华在现时代的要求下相融合，构建新的文明。一味贬损、伤害中国文化之根，无益于西方精神价值的引进与融铸，无益于新的现代文明的建设，也就谈不上研究哲学与中国哲学。
第二、“中国哲学”学科的主体性与中西哲学的对话性
哲学是人们关于宇宙、社会、人生的本源、存在、发展之过程、律则及其意义、价值等根本问题的体验与探求。在远古时期，各个大的种族、族群的生存样态与生存体验既相类似又不尽相同，人们思考或追问上述问题的方式亦同中有异，这就决定了世界上有共通的，又有特殊的观念、问题、方法、进路，有不同的哲学类型。人类进入文明时代的几个大的典范文明，各有不同的方式，其哲学有不同的形态。古代中国、印度、希腊的哲学是其中的典型。不仅今天所谓中国、印度、西方、中东、非洲的哲学类型各不相同，而且在上述地域之不同时空中又有不同的、千姿百态的哲学形态与哲学传统，并没有一个普遍的西方的或世界的哲学，所有哲学家的形态、体系、思想都是特殊的、各别自我的。
当年金岳霖先生预设的“普遍哲学”仍然只是以欧洲哲学为蓝本的，是西方一部分哲学的抽象。他仍然是把西方哲学史上某一时段的基本问题抽象为一般、普遍的哲学问题，然后再去对照、处理、发现或建构中国的哲学史料，以他所谓的“普遍哲学”作为唯一尺度衡量、评估非西方的丰富多彩的哲学。
然而，但凡思考宇宙、人生诸大问题，追求大智慧的，都属于哲学的范畴。关于人在宇宙中的地位、人的尊严与价值、人的安身立命之道等等，都是哲学的题中应有之义。康德区分两种哲学的概念，一种是宇宙性的，一种是学院式的。所谓宇宙性的哲学概念，把哲学视为人类为理性立法的学问，或视为人类探求终极价值的学问。这恰好符合儒学的“至善”及“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万事开太平”。
哲学史是发展的、具体的。文化与哲学传统本来就是流动、变化的。当然变中有不变，不变中有变。从印度佛学在东汉传入中国并经过中国学者消化的八百多年的历史经验来看，首先是“格义”。“格义”的前提，即是佛教与我国原始哲学的观念有某种一致性，以及意义间的可通约性。印度佛学中的哲学体悟与哲学义理在中国经过了佛学家们“格义”、创造性误读到消化吸收、融会贯通、自创新说的过程。中国哲人与佛学家不仅创造了佛学的新义理、宗派、方法，促进了佛学的中国化，而且进一步创造了以儒家思想为主干，吸纳佛道二教的宋明理学。中国化的佛学各宗派与宋明理学，特别是朱子学与阳明学，又陆续传到东亚，深刻影响了东亚与全世界，成为东亚走上现代的内在精神资源。
明季以来，西学东渐与东学西传的双向互动，已有了四百年。西方哲学在中国经历了一定的传播过程，西方哲学的汉语化、中国化过程仍在进行之中。今日在中国，中西哲学已经是你中有我，我中有你了。与过去印度佛教的各宗派一样，古今西方哲学的各流派、各大家的思想慧识都为我们提供了新的视域与方法，并正在与中国哲学的诸流派相互摩荡。今天，但凡用汉语撰写的西方哲学介绍及西方哲学原典的汉译，也已经不完全是原来意义上的西方哲学了。西方哲学的翻译与研究，西方哲学与中国哲学用语的比较，西方思维方式的吸收与批判，西方哲学及马克思主义哲学的中国化与中国的哲学创新等，都是广义的“中国哲学”的题中应有之义。西方哲学的汉语化或中国化，中国哲学的建构及其在西方的传播，表明比较哲学不仅是可能的，而且是现实的。
运用西方哲学范畴、术语，在借取中有发展。我们不能不借取，又不能不增加、渗入本土义与新义。牟宗三先生借用佛语说“依义不依语”，“依法不依人”，即自主地创造性地运用西方范畴、术语，有很大的诠释空间。以牟先生的智慧，当然懂得康德及其哲学范畴、命题、体系的原意，他的工作并不停留于此，他主要是利用康德哲学作为工具讲出中国的东西，自己的东西，意在创造性地融合中西哲学。因此，我们强调中国哲学学科成立的正当性，强调中国哲学学科自身的特色，并不把中国哲学作静态的处理，其本身即是一个动态的过程，包含着内外不同地域、民族的和同一民族不同的哲学传统的渗透与融合。而且，我认为，中国哲学的“自己写”与“写自己”，绝不是排它的，不需借鉴的，不考虑实事上已存在与发展着的创造性融会的。果如此，那就成了“自说自话”，不可能与其它类型的哲学对话与沟通。
第三、“中国哲学”的特殊性与丰富性
一般说来，中国哲学传统与西方哲学传统有很大的差异。长期以来，在西方，一元外在超越的上帝、纯粹精神、不变的实体是宇宙的创造者，宇宙或世界不能自己创造自己。如如不动的静止自立的创造者与被它创造的生动活泼的世界，自然与超自然，人与神，此岸与彼岸，心与物，精神与物质，主体与客体，灵魂与肉体，身体与心灵，价值与事实，理性与情感等等，统统被打做两橛，其间有着巨大的鸿沟。中国哲学家的宇宙论是生成论而不是构成论，他们认为，世界不是宰制性的建构，世界是多样的生存，各种主体的参与。中国哲学的主流是自然生机主义的，肯定世界是自己产生出来的，没有凌驾在世界之上之外的造物主或上帝。中国哲学是气的哲学而不是原子论的哲学。气的哲学昭示的是连续性的存在，自己创造自己，变动不居，永恒运动，大化流行，持续不断，生机无限。中国哲学家从来不把宇宙看成是孤立、静止、不变不动或机械排列的，而是创进不息、常生常化的。正如方东美先生所说，中国哲学家有一个信念，就是人类赖以生存的宇宙是一个无限的宇宙，创进的宇宙，普遍联系的宇宙，它包举万有，统摄万象，无限丰富，无比充实。对宇宙创化流衍的信念，实际上也就是对人的创造能力的信念。
中国传统哲学有着天、地、人、物、我之间的相互感通、整体和谐、动态圆融的观念与智慧。华夏族群长期的生存体验形成了我们对于宇宙世界的独特的觉识与“观法”和特殊的信仰与信念，那就是坚信人与天地万物是一个整体，天人、物我、主客、身心之间不是彼此隔碍的，即打破了天道与性命之间的隔阂，打破了人与超自然、人与自然、人与他人、人与内在自我的隔膜，肯定彼此的对话、包涵、相依相待、相成相济。与这种宇宙观念相联系的是宽容、平和的心态，有弹性的、动态统一式的中庸平衡的方法论。
西方哲人通过理性思辩的方式来考察、探究形上学的对象，如理念、实体、本体、自由、不灭的灵魂等，因此知识论发达，格外看重作为对象的外在世界与主体认识能力的研究，形式概念的分析，客观的知识系统与理论的建构。中国哲人重视的则是对存在的体验，是生命的意义与人生的价值，着力于理想境界的追求与实践工夫的达成。中国哲学的实践性很强，不停留于“概念王国”。这不是说中国哲学没有“概念”、“逻辑”、“理性”，恰恰相反，中国哲学有自身的系统，中国哲学的“道”、“仁”等一系列的概念、范畴，需要在自身的系统中加以理解。中国哲学有关“天道”、“地道”、“人道”的秩序中，含有自身内在的逻辑、理性，乃至道德的、美学的、生态学的涵义。其本体论、宇宙论及人道、人性、人格的论说无比丰富。中国哲学范畴、术语不缺乏抽象性，中国哲学中也不缺乏今天所谓科学、逻辑和认识论的探索，但这些都需要在自身的语言、文化、思想系统和具体的语境中加以解读，其中还有很多未知的王国，被“五四”以降以迄当今的一些学者们想象中的所谓“西方哲学”的“观念”所遮蔽。例如，有的学者否认中国哲学的理性，甚至否认儒家的“公共性”和“正义”、“公德”的诉求，这都需要认真地加以辨析。儒家前史与早期儒家相对于原始宗教而起的人文性的礼乐制度与观念中，就蕴含有人类最早的理性。在有关宇宙秩序与社会政治秩序中，秩序的价值有神圣性，同时又有抽象性、合理性、公共性、公义的内涵。
我们对于中国传统哲学自身的特性及治中国哲学史的方法学，仍在摸索之中。我们应有自觉自识，发掘中华民族原创性的智慧与古已有之的治学方法，予以创造性转化。汉民族哲学中有着异于西方的语言、逻辑、认识理论，如强调主观修养与客观认知有密切的关系，如有与汉语自身的特性有联系的符号系统与言、象、意之辩。有的专家说中国有所谓“反语言学”的传统。我的看法恰恰相反，中国有自己的语言学与语言哲学的传统。中国先民仰观天象，俯察地理，近取诸身，远取诸物，又以“六书”为方法创造汉字与经子之学，诠释文献，凝结智慧。中国人强调经验直观与理性直现地把握、领会对象之全体或底蕴的思维方式，有赖于以身“体”之，即身心交感地“体悟”。这种“知”、“感”、“悟”是体验之知，感同身受，与形身融在一起。我们要超越西方一般知识论或认识论的框架、结构、范畴的束缚，发掘反归约主义、扬弃线性推理的“中国理性”、“中国认识论”的特色。中国传统的经学、子学、玄学、佛学、理学、考据学等都有自己的方法，这些方法也需要深入地梳理、继承。道家、佛教的智慧，遮拨、破除我们对宇宙表层世界或似是而非的知识系统的执着，获得精神上的自由、解脱，爆发出自己的创造性。中国有诗性的、寓言的哲学。道家、玄学、禅宗等巧妙地运用语言，或指其非所指以指其所指，或否定其所指而明即其所指，甚至以机锋、棒喝，开悟心灵，启发人当下大彻大悟。值得我们重视的是，这些“超语言学”的方式是与其语言学相补充、相配合的。中国哲人把理智与直觉巧妙地配合了起来。
中国哲学的史料非常丰富，尤其是经学之中有很多未被开垦的资源。中国哲学的史料与社会、政治、历史、文化的史料交织在一起，需要下更大工夫去研读。中国经学的诠释学，或者广义的中国经典的诠释学，非常值得我们重视，其中经—传、经—说、经—解的方式是活泼多样的，是创造性很强的。如果拿西方《旧约》《新约》的解释学与中国经学的解释学作深入比较，我们可以发现中国经学的许多优长。
中国哲学是生命的学问，体验的智慧，实践的本领，中国哲学不是文字游戏，中国哲学与哲学家的生活密切相联，从哲学家的伟大人格中流淌出来。因此，必须知人论世，理解彼时彼地的环境、背景及哲人的社会、政治、文化活动，以及他所在的文化共同体，才能理解中国哲学的丰富的底蕴。
相对于西方哲学，中国哲学有自己的独特性，但这绝不是说中国哲学没有普适性与普世价值。相反，任何地域、民族、具体、特殊的精神资源中都有其普遍意义。在中西文化与哲学的比较研究与中国哲学学科的构建方面，要注意同中之异，异中之同，殊中之共，共中之殊，注意普遍、特殊、个别之间的复杂关系。我们当然不能把中西之别的问题化约为古今之异的问题，不能把古、今、中、西、同、异、共、殊的任何一方及其关系任意加以忽略、割裂或夸大。历史上的中西哲学家所面对、关注、解决的问题有相似性和差异性。总之，中华各民族文明中的哲学智慧决不亚于西方，需要我们在与西方哲学的比照、对话中，超越西方哲学的体系、框架、范畴的束缚，确立起我们中华民族的哲学传统、哲学智慧与哲学思维的自主性或主体性。
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