一、两岸检察机关在司法实践中存在的重要冲突
1.证据证明力的冲突
作为深受大陆法系影响的台湾刑事法律，更为注重证据方法，并未像大陆直接在法典中规定明确的证据形式。在大陆刑事法律中，证据是否合法有效与证据的形式是否符合法定形式紧密相连。尽管台湾证据方法与大陆证据形式的表述相似，但存在着本质的差
异。台湾检察机关获取的证据在不符合大陆证据形式的情形下，需要进行形式的处理，乃至重新调查取证，方可产生证据效力。另一方面，台湾刑诉法强调证据的直接性，两岸刑事司法互助中的调查取证多为间接性质，时常需要耗费巨大的转换成本。虽然2012年3月台湾最高法院101年度台上字第900号判决认为“被告以外之人于大陆地区公安所制作询问笔录具有证据能力之依据，不论依刑事诉讼法第一百五十九条之三第三款，或同条之四第三款规定，均可获致相同之结论，自难指摘原判决采证违法”，但此仅将大陆公安视同于台湾司法警察，仍然无法解决台湾司法体系中司法警察所获证据效力层次较低的问题，依然存在笔录有无证明力的争议。这种证据证明力上的冲突无形中降低了两岸检察机关在刑事司法互助中取得的成效。
2.刑事司法权管辖的冲突
刑事司法管辖权作为整个刑事司法活动的开端，具有举足轻重的意义，司法管辖权的确定往往会对法律适用和判决结果起到直接作用。对确实存在的犯罪行为丧失管辖权就意味着可能“纵容”犯罪分子逍遥法外，给刑事司法的公信力造成巨大冲击。《互助协议》虽在诸多刑事领域确立了广泛的司法协助事项，但却并未提及如何确定刑事司法管辖权。从上世纪末两岸劫机犯罪引发激烈的刑事管辖权之争开始，司法实践中便屡屡发生管辖权归属争议，严重阻碍两岸检察机关打击刑事犯罪。
二、关于提高两岸刑事司法互助中证据转化效率的构想
大陆新刑诉法实施后，两岸刑事证据适用原则差异的缩小对两岸调查取证协助效率的提高有较大的推动力，但在具体实践中仍需大陆检察机关以更积极的姿态参与。
（一）大陆检察机关提前介入两岸刑事调查取证协助
因台湾检察机关在刑事侦查中的主导权，故允许其在调查取证时兼顾庭审时的质证环节，从而提高调查取证的针对性及效率，而这恰恰是在大陆公安机关难以企及的，如前所述，大陆公安调查取证后形成的笔录往往不具证据能力。为提高两岸刑事调查取证协助效率，大陆检察机关应行使诉讼监督权利提前介入两岸刑事调查取证。在大陆公安机关主导调查的同时，检察机关对证据的形式、取证方法、直接证据的充分性等予以监督，提出相应检察建议，提升证据效力层次，降低证据法律资格被否定的机率。
（二）请求协助方检察官的介入
互涉两岸的刑事案件由于覆盖区域广、牵扯人数多、社会影响大，加之两岸刑事犯罪特点、刑事办案经验不尽相同，单纯通过委托协助调查取证及有限的案情沟通难以满足打击犯罪的需求。两岸检察官协同取证可以利用被请求方对地域熟悉的优势及时定位证人所在位置，可以在一定程度上消除证人对彼岸司法人员的信任疑虑，可以对银行账户、文件资料等涉及案件个人隐私的证据进行合理甄别及适用，最大限度保障人权。因此两岸可以适当放宽对入境司法人员的限制，搭建请求方检察官介入调查取证的渠道，协助调查取证的请求方指派富有办案经验、熟悉两岸法律政策的检察官，在保守案件秘密、严格证据用途、尊重保障人权的前提下，由被请求方检察官给予配合，协同参与调查取证，从而增强侦查取证的针对性、整体性、有效性，提高证据转化效率。
（三）统一两岸刑事司法互助中的证据形式
《互助协议》第18条“互免证明”规定“双方同意依本协议请求及协助提供之证据资料、司法文书及其他资料，不要求任何形式之证明”，在实务中多因证据形式等原因致“互免证明”规定沦为空谈。为力求实现实质上的“互免证明”，两岸司法部门（特别是检察机关、审判机关）应就刑事司法互助中证据形式的统一进行协商，在不违背刑诉法的原则下进行合乎法理的变通，确立统一的证据形式，并适用于整个刑事司法活动，从而确保所获证据的效力。
三、关于确立两岸刑事司法管辖权的构想
（一）两岸刑事司法管辖权冲突的分类分析
有学者将两岸刑事犯罪管辖权冲突的情形分为五种突案件；（3）在一方属地（或属人）、另一方保护管辖下所引发的双方管辖权冲突案件；（4）因共同犯罪所引发的互涉刑事案件可能导致双方管辖权冲突；（5）因犯罪后潜逃所引发的互涉刑事案件可能导致双方管辖权冲突。
两岸对上述五种情形均可主张管辖权，仅仅根据传统管辖权处理模式已无法解决现有冲突，因此在确立刑事司法管辖权原则时还应综合多方面因素做出合理的适用调整。
（二）确立刑事司法管辖权归属
虽然刑事司法管辖权冲突背后透露的是两岸主权的纷争，但刑事司法主权仍有别于政治主权，在两岸法律差异进一步缩小、保障人权理念达成共识、打击犯罪诉求相通的大前提下，消除冲突、确立管辖无疑是为两岸人民谋福祉、为两岸社会促稳定的重要举措。
两岸在刑事司法管辖的空间效力上均遵循以属地管辖为主，属人管辖为辅的原则。两岸对属地管辖的领域和犯罪地、属人管辖中公务员和普通公民在适用性上的区分对待都有极其相似的规定。这些共同点构成了两岸协商刑事司法管辖权归属的前提条件。在实践中应分以下两种情形来确认管辖权归属。
1.两岸均认为行为涉嫌犯罪的情形
在两岸均认为行为涉嫌犯罪时，犯罪地的司法部门往往较犯罪嫌疑人户籍所属地的司法部门在侦查取证和诉讼审判上有更为便利的优势，能够提高整个司法活动的效率，避免出现“迟来的正义非正义”的尴尬局面，故以属地管辖原则确认此情形下的刑事司法管辖权归属较为合理，而不论先受理优先及实际控制优先原则[1]。具体适用分三个层次：第一，犯罪地仅在大陆或台湾时，将刑事司法管辖权赋予犯罪地所在一方；第二，两岸均为犯罪地时，分析受损害程度，将刑事司法管辖权赋予其中受损明显较大的一方；第三，受损害程度无法明显区分时，则应综合考虑犯罪嫌疑人羁押何处更有利于维护社会稳定、何处舆论对司法活动的独立性影响更小等，将刑事司法管辖权赋予合适羁押地一方或拥有更高司法活动独立性的一方。
2.两岸中仅一方认为行为涉嫌犯罪的情形
若犯罪地一方不认为行为涉嫌犯罪，而犯罪嫌疑人户籍所属地一方认为涉嫌犯罪时，宜适用属人管辖原则，将刑事司法管辖权赋予犯罪嫌疑人户籍所属地一方；若犯罪地即为犯罪嫌疑人户籍所属地，但犯罪地一方未实际控制犯罪嫌疑人，此时可同时适用属地管辖和属人管辖原则。
同时为保障刑事司法管辖权确立后的公正司法和高效司法，两岸检察机关还应加强交换案件进展方面的信息，交流对案件侦查、起诉、审判、执行的看法，即时通过正式渠道协商存在的歧见。
注释：
[1]有学者提出在解决冲突时应考虑先受理优先、实际控制优先等原则，笔者对此并不认同。若先受理一方属于受损害明显较小的一方，此时赋予其刑事司法管辖权，不利于最大化保护法益，也易导致不和谐社会因素的滋生；若获得管辖权的一方为实际控制方，而非犯罪地时，将阻碍司法活动的顺利进行，破坏程序效率。
参考文献：
[1] 叶青，王晓华.《刑事诉讼法修正案（草案）》述评[J].上海大学学报（社会科学版），2012（1）：42-59。
[2] 李智.《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》对两岸司法协助制度的影响[J].长安大学学报（社会科学版），2009（4）：55-60。
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