国民待遇原则不仅是世界贸易组织规则的基本原则，而且也是现时代国际法的基本原则，因此，全面贯彻国民待遇原则，实施差别待遇特别是歧视性待遇应当有正当性理由的支持，是对入世后中国涉外行政法制建设提出的最起码的要求。然而我们在强调国民待遇原则的同时，绝对不能忽视对等原则的存在。因为，国民待遇原则仅仅反映在某一主权国家内外国人和本国人是平等的，而不能反映在某一主权国家内外国人权益受到保障的实际水平的高低。因为在某一主权国家内，如果其本国人的合法权益受到保障的实际水平较低，即使该主权国家对在本国境内的外国人给予国民待遇，外国人的合法权益在该主权国家内受到保障的实际水平仍然很低。因此，可以说国民待遇原则在促进主权国家提高对外国人合法权益的保障水平方面的功能是有限的。要真正谋求各个主权国家提高对外国人合法权益的保障水平，对等原则将发挥不可小视的功能。对等原则在根本上源于主权国家地位平等的国际法原则，它是指某一主权国家的公民、法人或者其他组织的合法权益在外国受到限制或被剥夺时，该主权国家对于在本国的该外国的公民、法人或者其他组织的合法权益进行对等的限制或者剥夺。对等原则表明，某一主权国家对于在本国的外国人的合法权益的保护水平在一定程度上决定着本国人的的合法权益在外国受到保护的水平。如此一来，如果各个主权国家的国内法对于人权保障的实际水平存在较大差距，那么对等原则的适用将使国民待遇原则在谋求外国人合法权益得到切实保障方面的功能全部丧失。基于现代民主宪政理论，各个主权国家都负有对其国民的合法权益谋求切实保障的宪法义务，无论是公民在本国境内还是在本国境外。这也正是公民身份的主要法律意义。国民待遇原则和对等原则则是谋求本国人的合法权益在外国获得切实保障的有效工具。但是如果片面地强调国民待遇原则，忽视对等原则的存在，那么国民待遇原则所欲求的目的则在根本上无法实现。
中国入世后，随着国际交往的日益频繁，在外国的中国公民、法人或者其他组织将越来越多。因此，中国公民、法人或者其他组织的合法权益在外国是否受到保护，以及受到保护的实际水平如何，必将成为我国为谋求人权保障而进行的社会主义法治国家建设事业的重要议题。对等原则告诉我们，若要真正谋求中国公民、法人或者其他组织的合法权益在外国获得切实的较高水平的保障，就必须提高我国涉外行政法对在华外国人的合法权益的保障水平。我国目前大量的涉外行政法律文件都规定了国民待遇原则和对等原则。但应当指出的是，我国目前关于对等原则的理解，仅限于法律适用时采取对等原则。即行政机关或者司法机关在适用法律时，如果某一外国对在该外国的中国人的权益进行限制和剥夺，那么司法机关、行政机关将我国法律规定的国民待遇不适用于在华的该外国的公民、法人或者其他组织。即对于我国法律所规定的国民待遇进行进一步的限制和剥夺。但实际上，对等原则更重要的意义在于法律创制层面。由于各国法制发展并不平衡，当某一国家的法治和人权保障水平较低时，即使完全给予在本国的外国人以国民待遇，外国人实际所享受到的人权保障水平依然很低，甚至根本没有保障。在此种情形下强调国民待遇原则几乎没有意义。因此，从功能上来讲，对等原则旨在促使各国在创制涉外行政法时，提高对在本国的外国人合法权益的保障水平，逐步缩小各国人权保障水平之间的差距，特别是促使各国对于国际社会绝大多数国家承认的基本人权加以切实的保障。
二、司法独立与涉外行政行为的法律救济
中国入世后，随着涉外行政行为数量和复杂程度的增加，特别是由于世界贸易组织规则的拘束，涉外行政行为的法律救济也就变得越来越重要。尽管世界贸易组织规则所要求的，对涉外行政行为进行审查的主体是多元的，即可以是法院、行政机关或者仲裁机构，但是必须由法院进行审查的涉外行政行为仍然占有绝对优势。而且根据世界贸易组织规则，对于涉外行政行为的审查无论是由法院负责，还是由行政机关负责，该等机构都必须具有相对的独立性，与作出涉外行政行为的行政机关之间不得有实质性的利害关系，以确保对涉外行政行为进行独立的审查。这就表明，司法独立对于中国入世后涉外行政行为的法律救济而言，具有非常重要的意义。所谓司法独立，根据一般的司法独立理念及具体制度，司法独立的根本在于法官的独立，即法官职位的保障、法官待遇的保障、法官独立审判案件权力的保障，以及法律特别规定的责任以外的豁免权。在行政法领域，确立司法独立的根本目的在于确保国家司法权无论在法律上还是在事实上能够有效制约国家行政权，通过对行政行为实施司法审查，监督和保障行政主体依法行政，对合法权益受到违法行政侵害的公民、法人或者其他组织提供法律救济，从而保障公民、法人或者其他组织的合法权益不受非法行政的侵害。然而从我国目前的行政法制现状看，尽管我国的宪法和三大诉讼法都明确规定“人民法院依法独立行使审判权，不受任何其他国家机关、社会组织和个人的非法干涉”，我国法学理论界也依此为根据而阐述我国的司法独立制度，但实际上，无论是从法律规定还是从司法机制的现状看，都不能说我国已经真正建立了司法独立制度。因为：第一，我国法律仅仅规定了法院机构独立和司法权独立，而缺少司法独立的根本内核，即法官独立；第二，由于我国的地方各级人民法院是由地方各级人民代表大会选举产生的，且地方各级人民法院的财政、人事受到地方行政机关的有效控制，因此，不仅我国的司法审判不可能不受行政机关的干预，司法机关及其人员在客观上难以独立，而且地方各级人民法院因受地方人大和政府的控制，在许多情况下成为实现地方保护主义的有效工具，难以担负确保我国法制统一的重任；第三，如何正确处理党的领导、人大的监督权与司法独立之间的关系，更是一个迄今为止仍然没有获得有效解决的理论和实践难题。
在入世以前，如果说中国基于国家的司法主权，可以自由决定中国实施什么样的司法制度的话，那么在入世以后，基于世界贸易组织规则的拘束，中国必须进行司法体制改革，确立司法独立制度，确保司法独立制度的核心价值得以实现。由于行政诉讼的被告是行政机关，所以在行政诉讼领域确保司法独立更加重要。为了使司法机关在法律上和事实上有足够的能力制约行政权，对行政行为实施司法审查，就必须减少行政机关对于司法系统的人事、财政的控制，否则司法独立将永远是一句空话，对受到涉外行政行为侵害的公民、法人或者其他组织也就很难提供有效的法律救济。
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